5 января 2016 года Харрис перенёс серьёзную операцию на правой ноге, из-за которой он рисковал пропустить остаток сезона[2]. Через неделю, 12 января, Харрис, право выбора во 2-м раунде драфта 2017 года и денежная компенсация были обменяны в «Орландо Мэджик» на право выбора во 2-м раунде драфта 2020 года[3]. Сразу после совершения сделки игрок был отчислен из «Орландо»[4].
19 июля 2016 года Джо Харрис на правах свободного агента подписал контракт с «Бруклин Нетс»[5].
16 февраля 2019 года выиграл Конкурс трёхочковых бросков НБА в рамках Звёздного уик-энда. В первом туре бросал первым и набрал 25 баллов, проиграв Стефену Карри, который набрал 27, однако во втором раунде был лучше и победил Карри 26-24[6] Кроме того, стал третьим по количеству заброшенных мячей в конкурсе подряд (12), проиграв только Стефену Карри (2015, 13 бросков подряд) и Крейгу Ходжесу (1991, 19 бросков подряд).
6 июля 2023 года Харрис был обменян в «Детройт Пистонс» вместе с двумя драфт-пиками второго раунда на денежную компенсацию[7]. 8 февраля 2024 года Харрис был отчислен[8].
15 августа 2024 года Харрис объявил о завершении игровой карьеры[9].