К Sinoconodon, вероятно, был близок более продвинутый морганукодон (возраст остатков — 201,6—164,7 млн лет[5]). Тем не менее, Sinoconodon существенно отличается от маммалиаформ: его рост, по-видимому, не прекращался в течение всей жизни, точная окклюзия (смыкание зубов) отсутствует, что является примитивным признаком. Большинство зубов постоянно сменялись, кроме передних щёчных, которые в случае утраты не восстанавливались и ни на одном известном черепе не сохранились.
Sinoconodon в целом считается более примитивным, обладает менее выраженными признаками млекопитающих, чем родственные ему маммалиаформы, включая морганоконудонтов и докодонтов, которые появились через несколько миллионов лет. Вероятно, является реликтом более ранней стадии эволюции млекопитающих. В связи с этим, в одних работах он упоминается как самое примитивное млекопитающее (в широком смысле), в других вовсе не считается млекопитающим.
