Nuclear Throne — игра в жанре roguelike с видом сверху. Целью игрока является пройти 15 процедурно сгенерированных уровней, разбитых на семь тематических областей. В конце каждой локации предстоит сразиться с боссами. При убийстве финального босса есть возможность попасть в так называемый Loop (петля), где все уровни начинаются заново, но с увеличенной сложностью, новыми врагами и новыми уровнями, ранее недоступными. Во время забега можно сократить путь до финального босса посредством нахождения секретных зон. В перерывах между раундами игрок, посредством выпавшего с врагов на уровне мутагена, может выбрать мутацию для персонажа, придающую ему определённую способность[2].
