.NET Bio

.NET Bio
Скриншот программы .NET Bio
Тип Библиотека для Биоинформатики и Геномики
Автор Microsoft Research
Разработчик Outercurve Foundation
Написана на C#
Операционные системы Linux, macOS, Windows
Аппаратные платформы .NET Framework, Mono
Лицензия Apache License 2.0
Сайт research.microsoft.com/en-US/projects/bio/mbf.aspx

.NET Bio — это библиотека биоинформатики и геномики с открытым исходным кодом, созданная для облегчения загрузки, сохранения и анализа биологических данных. Была разработана для .NET Standard 2.0 и изначально являлась частью Microsoft Biology Initiative в подразделении eScience.

История

.NET Bio изначально была выпущена Microsoft Research под названием Microsoft Biology Foundation (MBF), а затем перевыпущена некоммерческой организацией Outercurve Foundation в качестве свободно распространяемого ПО с открытым исходным кодом под лицензией Apache License 2.0[1].

Возможности

Библиотека состоит из набора объектно-ориентированных классов, написанных на C# для выполнения общих биоинформационных задач, таких как:

  1. Чтение и запись файлов генетических данных в виде выровненных последовательностей, таких как FASTA и GenBank .
  2. Доступ к онлайн-сервисам, таким как NCBI BLAST, для поиска фрагментов последовательностей в существующих базах данных.
  3. Алгоритмы локальных и глобальных выравниваний.
  4. Алгоритмы сборки последовательности, включая параллельную реализацию ассемблера DeNovo[2].

Хотя сама библиотека написана на C#, её можно использовать из любого .NET- совместимого языка и содержит различные примеры использования, в том числе из сценариев IronPython.

См. также

Примечания

  1. ↑ MBF Becomes .NET Bio (англ.) (18 октября 2011). Архивировано из оригинала 20 октября 2011 года.
  2. ↑ PadeNA: A parallel de novo assembler. — ISBN 978-989-8425-36-2. Архивная копия от 3 октября 2020 на Wayback Machine

Ссылки