По возвращении из Италии в Баварию Экк был назначен наставником принца Вильгельма и стал его ближайшим советником и канцлером (1519), когда Вильгельм IV вступил на баварский престол[9].
В 1520 году Экк женился на Фелиситас фон Фрейберг, вдове Дитриха фон Плинингена, чью библиотеку он унаследовал.
Л. фон Экк был душой как внутренней, так и внешней политики Баварии в эпоху Реформации. Приверженцев последней он подвергал беспощадным преследованиям. Главной его целью было усилить Баварию и добиться избрания её герцога в короли Священной Римской империи. Для этого он установил близкие отношения и с Карлом V, и даже с протестантскими князьями. На Аугсбургском сейме он высказывался за подавление реформационного движения, но после заключения Шмалькальденского союза сблизился с курфюрстом саксонским и ландграфом гессенским[9].
Когда натянутые отношения между императором Священной Римской империи Карлом V и протестантами разрешились окончательным разрывом, Экк снова встал на сторону императора. Такая непоследовательная политика не могла привести к успешным результатам. Вильгельм IV не только не был избран в римские императоры, но и не получил Пфальцского курфюршества, на которое очень рассчитывал[9].
Своему единственному сыну Освальду[нем.] (ученику Иоганна Авентина), который родился в 1539 году, он оставил огромные поместья в Рандеке (Эссинг), Вольфсегге и Хофе (Эрдвег), а также внушительное состояние. Однако всего через несколько лет Освальд фон Экк разорился и его имущество было насильно продано с аукциона; он умер в Регенсбурге в 1573 году[15].