Отец — уроженец города Боровска, принадлежал (не по прямой линии) к роду российских купцов-мануфактурщиков Щукиных, известных меценатов и коллекционеров, владел небольшой писчебумажной лавкой; мать, Мария Андреевна (ур. Симагина), дочь небогатого купца, вначале была домохозяйкой, а после неожиданной смерти мужа в 1888 году, продолжила торговое дело[источник не указан 1952 дня].
Жена — Антонина Васильевна Попова, мещанка Ряжского уезда Рязанской губернии. Брак Ивана Семеновича и Антонины Васильевны был заключён 27 января 1917 г. по старому стилю в Покровско-Успенском храме старообрядческой общины Москвы[4].
В 1911 году окончил Императорский Московский университет. 27 мая 1911 года выдержал испытание в Физико-математической комиссии при Московском Университете и «за оказанные успехи» был удостоен диплома первой степени.
С 2 апреля 1915 года — младший штатный ассистент при кафедре географии и этнографии Московского университета[5]
Многолетние комплексные экспедиционные исследования И. С. Щукина на Кавказе и в Средней Азии послужили основой его трудов по физической географии, общей и региональной геоморфологии.
Скончался 11 октября 1985 года, на 101 году жизни, в Москве.
Награды
Награждён орденом Ленина, двумя другими орденами, а также медалями.