В 1951 году защитил кандидатскую диссертацию «Сказание об Огузе. (К истории узбекского языка)», а в 1968 году стал доктором филологических наук (диссертация «Сравнительная фонетика тюркских языков»). Принимал участие в составлении фундаментального «Древнетюркского словаря» (Л., 1969)[3].
К истории образования узбекского национального языка. 1954.
Способы выражения грамматических значений в тюркских языках. 1957.
Монеты из раскопок городища Ак-Бешим (Киргизская ССР) в 1953—1954 гг. / Л. Р. Кызласов, О. И. Смирнова, А. М. Щербак // Учёные записки Института востоковедения АН СССР. Т. XVI. 1958. С. 514—563.
Знаки на керамике и кирпичах из Сиркела — Белой Вежи (К вопросу о языке и письменности печенегов) // МИА. Вып. 75. 1959. С 362—414.
Об алтайской гипотезе в языкознании // Вопросы языкознания. 1959. № 6. С. 51—63.
Огуз-наме. Мухаббат-наме: (Памятники древнеуйгурской и староузбекской письменности) / Институт языкознания АН СССР — М.: Издательство восточной литературы, 1959. 172 с.
Названия домашних и диких животных в тюркских языках // Историческое развитие лексики тюркских языков. М., 1960. С. 82-172.
Грамматический очерк языка тюркских текстов X—XIII вв. из Восточного Туркестана. М.—Л., 1961.
Надпись на древнеуйгурском языке из Монголии // Эпиграфика Востока. Т. XIV. 1961. С. 23-25.
Основные особенности южнохорезмского говора в сравнительном освещении. 1961.
Грамматика староузбекского языка. М.-Л.: Изд-во АН СССР, 1962. 276 с.
Сравнительная фонетика тюркских языков / А. М. Щербак; Отв. ред. член-корр. АН СССР А. Н. Кононов; Институт языкознания АН СССР. — Л.: Наука. Ленингр. отд-ние, 1970. — 204 с. — 2600 экз. (в пер.)
Очерки по сравнительной морфологии тюркских языков: (Имя) / А. М. Щербак; Отв. ред. С. Н. Иванов; Институт языкознания АН СССР. — Л.: Наука. Ленингр. отд-ние, 1977. — 192 с. — 1900 экз. (обл.)
Очерки по сравнительной морфологии тюркских языков: (Глагол) / А. М. Щербак; Отв. ред. С. Н. Иванов; Институт языкознания АН СССР. — Л.: Наука. Ленингр. отд-ние, 1981. — 184 с. — 2000 экз. (обл.)
Ранние тюркско-монгольские языковые связи (VIII—XIV вв.) / А. М. Щербак; Институт лингвистических исследований РАН. — СПб.: Наука, 1997.
Тюркская руника: происхождение древнейшей письменности тюрок, границы её распространения и особенности использования / А. М. Щербак; Институт лингвистических исследований РАН. — СПб.: Наука, 2001. — 152 с. — 1000 экз. — ISBN 5-02-028472-6. (в пер.)
Щербак Александр Михайлович // Биобиблиографические очерки о деятелях общественных наук в Узбекистане / Сост. Б. В. Лунин; Редкол.: И.М. Муминов, М.К. Нурмухамедов, Р.Х. Аминова и др.; Институт истории АН УзССР. — Ташкент: Фан, 1977. — Т. 2. — С. 312-316. — 424 с. — 2000 экз.