С 1848 по 1857 год был прикомандирован к 1-му Санкт-Петербургскому военно-сухопутному госпиталю и назначен помощником редактора «Военно-Медицинского Журнала». Затем был назначен адъюнкт-профессором Медико-хирургической академии по кафедре судебной медицины, гигиены и медицинской полиции, а в 1858 году — помощником главного доктора Санкт-Петербургского военно-сухопутного госпиталя, где проработал до 1869 года, и ординарным профессором вышеупомянутой кафедры.
В 1869 году Чистович был назначен секретарём конференции Медико-хирургической академии.
В 1871—1875 годах — начальник Медико-хирургической академии. С 1875 года стал непременным членом Военно-медицинского учёного комитета.
В 1875 признан с сыновьями потомственным дворянином.
Яков Алексеевич редактировал журнал «Друг здравия», а с 1864 года — и «Медицинский вестник», в котором напечатал ряд статей по истории врачебных наук. Впоследствии свои статьи он собрал в «Очерках из истории медицинских учреждений в XVIII в.» (СПб., 1870).
Основной научной работой Я. А. Чистовича является «История первых медицинских школ в России» (СПб., 1883), для которой он собирал материалы в течение 25 лет (труд увенчан Уваровской премией). Кроме того, он издал отдельно ряд переводных руководств по медицине.
Отрывок из биографического очерка, посвященного отцу: «В 1844 г. он напечатал свою первую работу „Об отнятии бедра под наркозом эфира“. Работа прошла незамеченной, а обнародована она была за три года до того, как Н. И. Пирогов стал широко применять эфирный наркоз»[2].
Яков Алексеевич Чистович был инициатором учреждения «вспомогательной медицинской кассы».
Чистович Алексей Яковлевич (1858—1905), юрист. Его жена — Екатерина Дмитриевна, урожд. Чистович Пиленко (1858—1915), дочь генерал-лейтенанта Д.В.Пиленко, сестра Ю.Д.Пиленко (ее племянница — Мария (Скобцова). Дочери Алексея Яковлевича и Екатерины Дмитриевны — Татьяна (1902–1965)[6][7] и Екатерина (род. 1892, в замуж. Олейникова).
Чистович, Сергей Яковлевич (1867—1922) — врач[8]. Окончил Военно-медицинскую академию, защитил докторскую диссертацию на тему «К морфологии крови при хроническом остеомиелите». В составе отряда Российского Красного Креста он отправился на Англо-бурскую войну, по возвращении написал книгу «Медицинская помощь в Трансваале» (1901). Был главным врачом Михайловского артиллерийского училища, позднее возглавил Стоматологический институт. Его жена — Людмила Генриховна, урожд.Эдель (1974, Баку—1958, Ленинград), дочь провизора Генриха Генриховича Эделя. Ее двоюродный брат — архитектор И.В.Эдель.
Их дети:
Андрей Сергеевич Чистович (1897–1981), полковник медицинской службы, доктор медицинских наук (1939), профессор (1939). Руководил кафедрой психиатрии Военно-морской медицинской академии, работал в психиатрических клиниках. Активно интересовался проблемой сна и сновидений, исследовал преимущественно этиологию и клинику инфекционных психозов, роль ревматической и других инфекций в этиологии шизоформных психозов. Автор ряда книг и более 120 статей по различным проблемам психиатрии и психотерапии.
Наталья Сергеевна Чистович (в замуж. Алексеева; 1900–1984).
Сергей Сергеевич Чистович (1902–1961). В 1944 году награжден медалью «За оборону Ленинграда»[9].
Павел Сергеевич Чистович (1903–1942). Работал в Центральном научно-исследовательском и проектно-конструкторском котлотурбинном институте. Арестован в 1940 году. Умер в 1942 году в Печорлаге[10].
Никита Сергеевич Чистович (1910–1964)[8]. Участвовал в качестве военного врача в Советско-финляндской войне. В период Великой Отечественной войны был хирургом на Волховском и Ленинградском фронтах. Военврач 2-го ранга. Один из его сыновей — Никита Никитич Чистович, начальник медицинской службы СОБР, погиб 29 июня 1996 года в ходе контртеррористической операции в Чечне, оказывая помощь раненому бойцу. Посмертно награжден орденом Мужества[11].
Чистович, Яков Алексеевич // Список гражданским чинам военного ведомства первых пяти классов, по старшинству. Исправлено по 1-е января. — СПб.: Военная типография, 1874. — С. 50.
