В 1995 году арестован Службой Безопасности Украины (СБУ) по обвинению в хранении боеприпасов (сорока патронов) и осуждён на четыре года лишения свободы. По словам самого отца Олега Моленко, эти патроны ему «подложили» сотрудники СБУ после отказа сотрудничать с ними и пропагандировать выгодный им политический курс.
6 сентября1998 года был отпущен односторонним решением, без церковного суда Синодом Святой православной церкви Северной Америки[24] без всякого прещения, кроме запрещения участвовать в священнодействиях в рамках данной церкви.
В 1999 году получил статус религиозного беженца в Канаде и в 2003 году получил канадское гражданство.
более 16 лет (с 19 декабря1994 года) не являлся клириком ни Русской православной церкви заграницей (РПЦЗ) ни Русской православной церкви заграницей Московского патриархата (РПЦЗ МП);
как противоречащее каноническим правиламПравославной Церкви, то есть без предъявления обвинения, проведения официального судебного разбирательства в соответствии с канонами, соблюдения необходимых судебных процедур, а также в нарушение правил проведенное в формате «телефонного совещания»[28].
Отец Олег Моленко:
«Российская церковь перестала существовать с собора 1917—1918 гг. и с возглавления её патриархом Тихоном Белавиным, который есть сергианец до Сергия и основатель окончательного разрушения российской церкви»[43];
поддерживает позицию нестяжателей и считает ошибочной позицию иосифлян в вопросе об образе жизни монашества (как в историческом аспекте, так и в переложении на современный практический аспект)[44];
также считает, что настоящее время имеет исключительной особенностью повсеместное отступление всех поместных церквей, епископата и большинства верующих христиан от истинной веры[46];
при оскудении клира и священства (или затруднении доступа к нему по причине гонений) мирянам допускается самим проводить некоторые церковные обряды и богослужения (кроме литургии и хиротонии)[48][49].
Число деструктивных культов, похожих на описанную выше религиозную организацию, в последнее время сильно возросло. Как правило, за их идеологическим фасадом скрывается коммерческий расчёт.
Признаки таких культов — жёсткая критика всего, что вне секты, запрет на нормальное общение с внешним миром, псевдодуховные практики, основанные на методах контроля сознания. Следствием всего этого являются потеря адептами секты чувства реальности, абсолютная преданность лидерам, которая может доходить до готовности к самоубийству.
утверждение о воскресении апостола Иоанна Богослова, его епископском служении и его скрытой от всего мира жизни в Гималаях (п. 5 Церковь Иоанна Богослова (Торонто)|Церкви Иоанна Богослова);
учение о существовании сокрытых от мира 153 новых Апостолов (п. 11 Устава Церкви Иоанна Богослова);
имеет место самовольное присвоение себе власти епископа (открытое и явное нарушение 1-го правила Св. Апостолов); имеет место отказ от принципа соборности, от исполнения решений Вселенских соборов (п. 14 Устава Церкви Иоанна Богослова);
мнение о невозможности покаяния некоторых людей, что с точки зрения критиков есть прямое нарушение 52-го Апостольского правила (п. 45 Устава Церкви Иоанна Богослова);
институт «странствующих священников» (п. 32 Устава Церкви Иоанна Богослова) с точки зрения его оппонентов является нарушением правил 6-го, 10-го, 13-го Четвёртого Вселенского собора.
о. Олег Моленко. Толкование Апокалипсиса. — Киев: Абетка-Нова, 2003. — 140 с. — ISBN 966-8119-18-5.
о. Олег Моленко. Православие в вопросах и ответах. — Киев: Кий, 2006. — Т. 1. — 545 с. — ISBN 966-8825-26-8.
о. Олег Моленко. Богословские вопросы. Апокалипсис. Пророчества, серия Православие в вопросах и ответах. — М.: Памятники исторической мысли, 2007. — Т. 1. — 800 с. — ISBN 5-88451-217-7.
о. Олег Моленко. Вопросы по Священному Писанию. Православие и лжеправославие, серия Православие в вопросах и ответах. — М.: Братство во имя апостола Иоанна Богослова, 2008. — Т. 2. — 800 с. — ISBN 978-5-903847-01-03.
о. Олег Моленко. Православие в вопросах и ответах. Вопросы личного спасения, Церковь, семья, дети. — Алгоритм, 2013. — Т. 3. — 839 с. — ISBN 978-5-4438-0438-5.