В 1956 году в Найроби был основан Королевский технический колледж, который 25 июня 1961 года был преобразован в Королевский колледж Найроби. 20 мая 1964 года преобразован в Университетский колледж Найроби в составе Университета Восточной Африки. В ходе разделения Университета Восточной Африки в 1970 году выделен как Университет Найроби.
В связи с ростом в 1983 году была произведена реструктуризация университета с организацией в его составе шести колледжей[4].
Структура
Университет состоит из шести колледжей, которые делятся на факультеты, которые, в свою очередь, делятся на департаменты[5].
Колледж сельского хозяйства и ветеринарных наук
Факультет сельского хозяйства
Институт мира и экологических исследований имени Вангари Маатаи
Факультет ветеринарной медицины
Колледж биологических и физических наук
Центр биотехнологии и биоинформатики
Институт по вопросам изменения климата и адаптации
Факультет физических наук
Школа биологических наук
Школа вычислительной техники и информатики
Школа математики
Колледж архитектуры и строительства
Факультет искусств и дизайна
Инженерный факультет
Факультет ядерной науки и технологии
Факультет антропогенной среды
Педагогический колледж и экстернат
Центр открытого и дистанционного обучения
Кампус кенийской науки
Школа непрерывного и дистанционного образования
Школа образования
Колледж медицинских наук
Центр по профилактике и исследованию ВИЧ
Факультет стоматологических наук
Институт тропических и инфекционных заболеваний
Медицинский факультет
Факультет сестринского дела
Фармацевтический факультет
Факультет общественного здравоохранения
Библиотека колледжа медицинских наук
Колледж гуманитарных и социальных наук
Центр изучения африканских женщин
Факультет африканских исследований
Факультет гуманитарных наук
Факультет бизнеса
Центр передовых исследований в области экологических права и политики