В 1989—1993 годах — преподаватель Маркеттского университета. Профессор теологии Копенгагенского университета (1993—2009, эмерит). Ныне проживает в Дании в Копенгагене и является датским гражданином.
В центре его исследовательских интересов связь между Библией и в особенности Ветхим Заветом — и археологией. В одной из своих книг он утверждает, что Ветхий Завет полностью или почти полностью создан в период V—II веков до н. э.
Thompson, Thomas L.; Francolino J. Gonçalves; Jean-Marie van Cangh. Toponymie palestinienne: plaine de St Jean d'Acre et corridor de Jérusalem (фр.). — Université catholique de Louvain, Institut orientaliste, 1988.
Historie og konstruktion: festskrift til Nils Peter Lemche i anledning af 60 års fødselsdagen den 6. september 2005 (датск.) / Mogens, Müller; Thomas L. Thompson. — Museum Tusculanum Press[англ.], 2005. — ISBN 978-87-635-0377-8.
Thompson, Thomas L. The Messiah Myth: The Near Eastern Roots of Jesus and David (англ.). — Basic Books, 2007. — ISBN 978-0-7867-3911-0.
Thompson, Thomas L. Biblical Narrative and Palestine's History: Changing Perspectives 2 (англ.). — Equinox Publishing Limited, 2013. — ISBN 978-1-908049-95-7.