Строительство должно было начаться 23 июня 1793 года, но за два дня до этого страшный городской пожар уничтожил заготовленные строительные материалы. Но уже 6 сентября того же года в основание будущего храма был заложен первый камень.
Подрядчиком строительства был Андрей Сергеевич Быбин из Соликамска. Скульптор Сергей Бушев украсил фасад и колокольню колоннами из алебастра. Штукатурные работы и кладка четырёх кафельных печей были поручены Иоакиму Кристиану Сутхоффу. Изящный алтарь, увенчанный фигурами, олицетворяющими Закон и Евангелие, был выполнен по проекту генерал-майора Фабиана Готхарда фон Штейнгеля. Позолотчик Риглер покрыл детали алтаря золотом и краской. Деревянные полы были выполнены мастером Шварцем по рисунку Ф. Штейнуса. Материалы для строительства доставлялись из России и Финляндии. Главные двери церкви были изготовлены из архангельского дуба.
Освящение церкви состоялось 29 июня 1799 года, в день памяти апостолов Петра и Павла. Поскольку строительство закончилось при императоре Павле I, освящение совершили во имя святого Павла, но к середине XIX века храм стали именовать «церковью Петра и Павла».
В 1839 году из Ганновера был привезён и установлен 21-регистровый двухмануальный орган фирмы «Майер». В 1885 году церковь была реконструирована под руководством архитектора Я. Аренберга. В 1895 году старый орган был продан приходу Юлиторнио, а новый 25-регистровый инструмент был заказан финскому органному мастеру датского происхождения Йенсу Александеру Цакариассену, он был изготовлен и установлен в 1898 году.
XX век. Утрата интерьера
Церковь оставалась действующей до самого окончания советско-финской войны 1939—1940 годов. После взятия Выборга советскими войсками почти не пострадавшее от бомбёжек здание было занято под клуб. Орган и убранство алтаря были уничтожены. Во время Великой Отечественной войны (с 1941 по 1944 гг.) церковь была практически единственным храмом, не пострадавшим в ходе боевых действий. Она выполняла роль гарнизонной церкви взамен разрушенного старого кафедрального собора. Последнее богослужение с причастием состоялось 18 июня1944 года. После второго и окончательного взятия Выборга советской армией в 1944 году здание церкви использовалось сначала как склад, а потом как клуб одной из военно-морских частей. В этот период в алтарной части соорудили сцену, а на втором этаже устроили кинобудку. Однако общий вид интерьера, кроме алтарной части, практически не изменился.
Изображение церкви в живописи и графике - редкий случай. Однако финский художник Йорма Холопайнен написал в 1939 году акварель с видом на эту постройку. Подспорьем для работы возможно служил фотоснимок того же года известного фотографа Пиетинена[1].
29 июня1989 года в выборгской городской библиотеке состоялось собрание, на котором была создана евангелическо-лютеранская община в составе 16 человек. Первое время богослужения проводились в выборгской школе № 10. В 1991 году приказом министра обороны Д. Т. Язова здание церкви было передано выборгской лютеранской общине в использование. В том же году состоялось освящение храма.
Первым настоятелем храма после возобновления служения стал пробст Аймо Кюмяляйнен (фин.Aimo Kymäläinen). С 1993 по 1996 год здание было капитально отремонтировано, в 1996 году в Эстонии был приобретён алтарь. Приход города Миккели подарил церкви небольшой духовой орган на 10 регистров. Колокол был отлит в 2001 году на Балтийском заводе.
В 1999 году был выпущен юбилейный значок, посвященный 200-летию со дня основания Церкви Святых Петра и Павла (1799-1999)[2].
Настоящее время
В настоящий момент приход церкви святых Петра и Павла насчитывает более 300 прихожан, которых окормляют три пастора. В 2005 году настоятелем прихода призван и поставлен пастор Дородний Владимир Леонидович. В приходе ведётся миссионерская и диаконическая работа, действует воскресная школа для детей, проходят собрания для молодёжи, органные, инструментальные и хоровые концерты. Еженедельные богослужения совершаются на русском языке (при необходимости — с переводом на финский). Приход ведёт активную благотворительную деятельность. Дочерняя приходская группа действует в г. Светогорске.
Выборгская община поддерживает братские связи с финским миссионерским обществом SLEY, общинами ЕЛЦФ в пробствах Иматра и Лаппеэнранта, а также с общиной Grace Lutheran Church в г. Рочестере, штат Миннесота, США (LCMS).
В 1997 году приход Кафедрального собора г. Миккели и Объединение лютеранских приходов г. Лаппеэнранты подарили выборгской общине орган, изготовленный финской фирмой АО «Органная фабрика Кангасала» (фин.Oy Kangasalan Urkutehdas Ab), opus 713/1963. Ранее инструмент находился в часовне г. Миккели[3].
Орган был построен в 1963 г., диспозиция составлена под влиянием Orgelbewegung ("Органного движения")- в ней преобладают высокие регистры. Органный мастер Анатолий Погодин переинтонировал регистры Waldflöte и Mixtur, теперь их звучание стало более мягким. Инструмент наиболее хорошо подходит для исполнения литургической музыки и музыки эпохи барокко.
Орган используется для регулярных и праздничных богослужений, а также для проведения концертов. Во время ежегодной «Ночи музеев» все желающие могут посетить «органную экскурсию», знакомящую посетителей с органом, его устройством и традицией органной музыки.
Мартынова А. Г. Выборг в финляндской и российской живописи и графике XX – нач. XXI в. – СПб.: Принт, 2020. – 421 с. ISBN 978-5-6044484-4-1
Мельнов А. В. Строительство шведско-немецкого собора Петра и Павла в Выборге // Санкт-Петербург и страны Северной Европы. 2019. Вып. 20 (2): Материалы двадцатой ежегодной научной конференции / Под ред. В. Н. Барышникова, П. А. Кротова. — СПб.: Изд-во РХГА, 2019. — С. 214-224. ISSN 24118796
Мосандер, К. Г. Э. Собор святых Петра и Павла в Выборге : очерки из истории / К. Г. Э. Мосандер ; перевод со шведского Н. А. Асеевой; вступительная статья А. В. Мельнова. – Выборг: Местная религиозная организация «Евангелическо-лютеранский приход города Выборга», 2024. – 24 с. ISBN 978-5-907734-92-0