27 октября 1894 становится исполняющим должность доцента кафедры истории и обличения русского раскола. 6 марта 1899 года присвоена учёная степень магистра богословия. С 16 августа 1888 — преподаватель обличительного богословия, истории и обличения русского раскола и местных сект. 24 марта 1899 года стал доцентом. 30 января 1900 года становится экстраординарным профессором. 13 ноября 1909 года ему присвоена учёная степень доктора церковной истории. 9 декабря 1909 года становится сверхштатным ординарным профессором, а 9 июня 1910 года — ординарным профессором по кафедре истории и обличения русского раскола[1].
Из истории полемики с расколом // Православное обозрение. — 1889, № 5.
Дело о старце Богословского монастыря Михаиле Микулине: Из истории раскола XVII в. в Ряз. губ. // Миссионерский сборник. — 1890, № 1.
Миссионер Св. Синода иеромонах Арсений в Рязанской губернии / Рязанские епархиальные ведомости. — 1890, № 7.
Библиографическая заметка о книге г. Плотникова // Прибавл. кн.: Рязанские епархиальные ведомости. — 1890, № 14—15, 17.
Обзор сочинений, в которых содержится обличение лжеучения современного апологета раскола Онисима Швецова // Рязанские епархиальные ведомости. — 1890, № 13, 19 и 21.
Беседа Швецова с ректором Нижегородской семинарии П. Смирновым // Миссионерский сборник — 1891, № 1, 3.
Из истории полемики с расколом в Рязанской епархии в XVIII веке: Неизданная полемика против раскола соч. Симона Лагова, архиепископа Рязанского // Миссионерский сборник. — 1891, № 2, 5.
Рязанский митрополит Стефан Яворский как полемист против раскола // Миссионерский сборник. — 1891, № 3, 4.
Меры гражданской власти против раскола и духовные действия к ослаблению его со времени имп. Николая Павловича до наших дней // Миссионерский сборник. — 1893, № 3 и 6; 1894, № 1—2.
Где истина?: Разбор изданной современным апологетом раскола Онисимом Швецовым книги «Истинность старообрядствующей иерархии» // Миссионерский сборник. — 1894, № 1—4.
Пророчество св. пророка Божия Малахии: IV, 5—6 // Миссионерский сборник. — 1894, № 4.
Что такое раскол старообрядчества // Миссионерский сборник. — 1893, № 4.
Поповец и беспоповец во взаимных обличениях и самозащите // Миссионерский сборник. — 1894, № 5.
Конспект лекций по истории русского раскола, читанных студентам С.-Петербургской Духовной Академии в 1894/95 учеб, году П. С. Смирновым. — СПб.: Лит. Богданова, [Ценз. 1895]. — 14 с.
Лекции по обличению русского раскола. 1894/95 г.: Изд. LIII и LIV выпусков. — Ценз. 1895. — 268 с.
Рецензия на книгу «Протопоп Аввакум. Очерк из истории умственной жизни русского общества в XVII веке А. К. Бороздина. — XIII, 348, 171 с.» // Журнал М-ва нар. просвещения. — 1900, № 1.
Конспект лекций по истории русского раскола в 1902/03 учеб, году [для студентов С.-Петербургской Духовной Академии]. — СПб., [1903].
Курс лекций по обличению русского раскола, читанных проф. С.-Петербургской Духовной Академии П. С. Смирновым студентам LX и LXI выпусков в 1901/02 году. — [СПб., 1903]. — 320 с. — Литогр.
Лекции по истории и обличению русского раскола: Читано проф. П. С. Смирновым студентам IV курса С.-Петербургской Духовной Академии в 1911—1912 учеб. году. — СПб.: Изд. студент Зиновий Хаинский, 1912. — 379 с. — Литогр.
Конспект лекций по истории и обличению раскола. — Пг.: Заборовский, 1916.
Лекции по истории и обличению русского раскола: Читано проф. П. С. Смирновым студентам IV-гo курса Петроградской Духовной Академии в 1915—1916 учеб. году. — Пг.: Тип. Юделевич, 1916. — 192 с. — Литогр.
«Я стал работать в области, в научной литературе совсем нетронутой». Автобиография профессора Санкт-Петербургской духовной академии П. С. Смирнова (1861 — после 1927) (Вступ. статья, публ. и прим. Д. А. Карпук) // Вестник Исторического общества Санкт-Петербургской Духовной Академии. 2020. — № 1 (4). — С. 277—285.