С 1776 по 1793 год переулок входил в состав Большо́й Ма́стерской улицы, проходившей от Екатерининского канала до Фонтанки и включавшей в себя современную улицу Пасторова. Малой Мастерской называлась нынешняя Мастерская улица. Название было дано в связи с местонахождением здесь слободы мастеровых людей Адмиралтейского морского ведомства.
Когда значительная часть Большой Мастерской была закрыта, название перешло на параллельную Малой Мастерской часть современного Лермонтовского проспекта. Оставшийся от улицы небольшой переулок с 1821 года назывался Глухи́м.
С 1836 года известно название Прядильный переулок. Оно связано с тем, что переулок начинается от Прядильной улицы (современной улицы Лабутина)[1]. Название улицы и переулка связано с прядильными мастерскими, переведёнными в 1730-х годах к реке Фонтанке из района Адмиралтейского ведомства.
Во второй половине — конце XIX века переулок был застроен доходными домами.
На углу Прядильного переулка и улицы Лабутина находится небольшой сквер, носящий неофициальное название «Три павлина» — по металлической скульптуре, установленной в центре сквера[2].
В октябре 2022 года Прядильный переулок стал односторонним — от улицы Лабутина к набережной реки Фонтанки[3].
Здания
Дом № 2 (улица Лабутина, дом № 12) — доходный дом, построен в 1900 году по проекту арх. В. В. Шауба.
Дом № 3 (Люблинский переулок, дом № 1) — доходный дом, перестроен в 1900 году по проекту арх. С. П. Кондратьева.
Дом № 6 (Климов переулок, дом № 5) — доходный дом Северовых. Самый старый из сохранившихся в переулке домов. Корпус по Климову переулку построен в конце XVIII — начале XIX века, автор не установлен. Корпус по Прядильному переулку построен в 1849 году по проекту акад. арх. Н. П. Гребёнки совместно с Н. А. Сычевым. памятник архитектуры (вновь выявленный объект)[4]
Дом № 7 (набережная Фонтанки, 165) — собственный доходный дом архитектора И. С. Китнера, построенный (перестроенный) им в 1903—1904 годах. По Прядильному переулку дом состоит из двух корпусов. Два этажа правого корпуса выполнены в той же стилистике, что и левый, а три верхних этажа правой части надстроены в «кирпичном стиле».
Городские имена сегодня и вчера: Петербургская топонимика / сост. С. В. Алексеева, А. Г. Владимирович, А. Д. Ерофеев и др. — 2-е изд., перераб. и доп. — СПб.: Лик, 1997. — С. 102, 181. — 288 с. — (Три века Северной Пальмиры). — ISBN 5-86038-023-2.
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Санкт-Петербурга. — 5-е изд., перераб. — СПб.: Норинт, 2002. — 353 с. — ISBN 5-7711-0019-6.