Современное название Подкопаевский сохраняет название местности — древнее село Подкопаево — которое объясняют тем, что здесь, в старину, под холмом на берегу реки Рачки добывали глину, подкапывая холм. Здесь же на углу нынешних Подколокольного и Подкопаевского переулков стоит Церковь Николая Чудотворца в Подкопаях, известная с 1493 года.
В 1493 году государь и великий князь Иван III после сильнейшего пожара, истребившего его дворец в Кремле, некоторое время жил у церкви Николы в Подкопаях, пока не был выстроен новый дворец.
Об этом два раза сообщает великокняжеский летописец:
«Того же лета (7001), июля 16, во вторникъ, въ 11 часъ дни, зажже громъ с молоньею <…>. А изъ Заречья въ граде загореся князя великого дворъ и великіе княгини и оттоле на Подоле житници загорешяся и дворъ князя великого новой за Архаггеломъ выгоре и митрополичъ дворъ выгоре и оу Пречистые олтарь огоре подъ немецкимъ железомъ и во граде всеа лачюги выгореша, понеже бо не поспеша поставляти хоромъ после вешняго пожара, и церквы Иоаннъ Предтеча оу Боровицкихъ вороть выгоре и западе. И изъ города торгь загореся и оттоле посадъ выгоре возле Москву до Зачатия на Востромъ конць и по Васильевский Лугъ и по Все Святые на Кулишки и Стретенска оулица вся выгоре до Вьсполья и церковь каменаа оу Сретеніе огоре. И много бо тогда людемъ скорбости бысть: больший двою соть человекъ згоре людей, а животовъ бесчислено выгоре. А все то погоре единого полудни, а летописець и старые людие сказывають: какъ Москва стала, таковъ пожарь не бывалъ. Тогда же стоялъ князь великий оу Николы оу Подкопаева, оу Яузы, въ крестьянскихъ дворехъ».[1]
«Въ лето 7002, месяца ноября,<…> въ 10, в недѣлю, вшелъ князь великій в новой дворъ жити въ граде на Москве, а стоялъ после пожара оу Николы оу Подкопаева на крестьяньскихъ дворехъ».[1]
Имена московских улиц. Топонимический словарь / Р. А. Агеева, Г. П. Бондарук, Е. М. Поспелов и др.; авт. предисл. Е. М. Поспелов. — М.: ОГИ, 2007. — 608 с. — (Московская библиотека). — ISBN 5-94282-432-0.