В феврале 1987 года вошёл в состав редакционной коллегии научно-художественного журнала ЦК ВЛКСМ «Вокруг света»[2] на должности заведующего отделом литературы, а затем стал ответственным секретарём редакции. С 1993 по 1999 годы — шеф-редактор этого журнала.
С 1998 года тесно сотрудничает с издательством «Вече», где регулярно публикуется[3].
С 2001 года возглавил старую редакцию журнала «Вокруг света», выходившего под эгидой ЮНЕСКО в 2001—2003 годах под названием «Путешествие вокруг света»[4], а с июля 2003 года по декабрь 2007 года — под названием «Путешествие по свету». В 2008 году это печатное издание прекратило существование. С 2011 года Непомнящий стал главным редактором электронного издания «Путешествуем по свету», выходящего на сайте Национального географического общества — журнал является концептуальным преемником старого советского журнала «Вокруг света» (1927—1999).
В разные годы являлся главным редактором газеты «Клады и сокровища»[5] и журнала «Всемирный следопыт» (1998—2012), ответственным редактором газеты «Птичий рынок»[6] и журнала «Загадки истории»[7][источник не указан 2652 дня].
В настоящее время занимается публицистикой и писательской работой. Является авторов и составителем свыше 200 книг о путешествиях, загадках истории, природы, человека, о домашних кошках и бабочках. Много путешествует по различным регионам планеты, читает лекции, выступает в качестве эксперта в российских научно-популярных телепрограммах[9]. В рамках исследовательско-публицистического проекта «Истоки цивилизации» издательства «Вече» освещает темы криптозоологии и формирование древних культур[10].
Земля гереро. Уроки истории Самуэля Матломбе. — М.: Молодая гвардия, 1985. — 112 с.
Разгадка близка. О неразгаданных тайнах криптозоологии. — М.: Знание, 1989. — 48 с. — ISBN 5-07-000502-2.
Так кто же открыл Америку? — М.: Знание, 1990. — 47 с.
Кузовкин А. С., Непомнящий Н. Н. В объективе — НЛО. — М.: Профиздат, 1991. — 240 с.
Крик мамонта. Сост. Н. Н. Непомнящий. — М.: Общество по изучению тайн и загадок Земли, 1991. — 222 с. — ISBN 5-86422-070-1.
Кузовкин А. С., Непомнящий Н. Н. Что случилось с эсминцем «Элдридж»? — М.: Знание, 1991. — 46 с. — ISBN 5-07-001856-6.
Последние из атлантов. — М.: Общество по изучению тайн и загадок Земли, 1992. — 127 с. — ISBN 5-86422-079-5.
Кузовкин А. С., Непомнящий Н. Н. Легко ли быть оборотнем? — М.: «Знание», 1992. — 46 с. — ISBN 5-07-002207-5.
Серия «XX век — Хроника необъяснимого»
XX век — хроника необъяснимого. Событие за событием. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1997. — 528 с. — ISBN 5-7390-0265-6.
XX век — хроника необъяснимого. Год за годом. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1997. — 429 с. — ISBN 5-7390-0276-1.
XX век — хроника необъяснимого. Гипотеза за гипотезой. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 2000. — 245 с. — ISBN 5-7390-1007-1, 5-17-001098-2.
XX век — хроника необъяснимого. Проект «НЛО». — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1998. — 167 с.
XX век — хроника необъяснимого. Открытие за открытием. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 2000. — 528 с. — ISBN 5-7390-0523-X.
XX век — хроника необъяснимого. Время — назад. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 2000. — 388 с. — ISBN 5-271-00069-9, 5-8195-0118-7.
XX век — хроника необъяснимого. Проклятие вещей и проклятые места. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 2000. — 432 с. — ISBN 5-271-00287-X, 5-8195-0083-0, 5-237-04773-4.
Серия «Энциклопедия загадочного и неведомого»
Экзотическая зоология. — М.: Олимп-АСТ, 1997. — 560 с. — ISBN 5-7390-0147-1.
Гигантский морской змей. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1997. — 185 с. — ISBN 5-7390-0149-8.
Кунсткамера аномалий. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1997. — 544 с. — ISBN 5-7390-0497-7, 5-237-01912-9.
Самые невероятные случаи. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1998. — 528 с. — ISBN 5-7390-0812-3.
Необъяснимые явления. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1998. — 592 с. — ISBN 5-7390-0188-9, 5-7390-0147-1, 5-7841-0428-4.
По следам великанов. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1998. — 512 с. — ISBN 5-7390-0768-2, 5-237-00916-6.
Странники Вселенной. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 1998. — 544 с. — ISBN 5-7390-0764-X.
Загадки сынов Атлантиды. — М.: АСТ-Олимп, 1999. — 540 с.
Таинственные исчезновения и перемещения. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 2000. — 77 с. — ISBN 5-271-00412-0, 5-8195-0139-Х.
Зоопарк диковин нашей планеты. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 2000. — 432 с. — ISBN 5-271-00411-2, 5-8195-0133-0.
Самые невероятные случаи. — М.: АСТ; Астрель, 2001. — ISBN 5-271-00393-0, 5-17-006068-8.
Гигантский морской змей. — М.: Олимп-АСТ; Астрель, 2001. — 77 с. — ISBN 5-17-005321-5, 5-8195-0413-5.
По следам морского змея. — М.: АСТ, Астрель, 2003. — 352 с. — ISBN 5-8195-0445-3; 5-17-006281-8.