Своё название село возможно получило из-за находящегося рядом проточного пруда (сегодня засыпанного) на реке Напрудной, притоке Неглинной.
В первой половине XIV столетия село находилось «у города»[5], который тогда едва ли выходил за границы нынешнего Бульварного кольца. И, скорее всего, центр села находился ближе к югу — вероятно, в районе нынешней Гостиницы ЦДСА, где раньше стояла церковь Иоанна Воина на Божедомке, а в XVII веке располагался «государев зелёной двор»[6].
.. , да селцо Напрудное (Захарьины, как видно, писались прежде Яковля, а после стали писатся Романовы, от которых пресветлейший род Романовых счастливо воцарствующих, государей российских, происходит, и видно, что их предки знатны вотчины имели, ибо Напрудная слобода ныне внутре Москвы.)
— Часть текста и примечания переписчика по тексту к «Духовная царя и Великаго князя Иоанна Васильевича, самодержца всероссийскаго, июнь — август 1572 года.»
↑Духовные и договорные грамоты великих и удельных князей XIV—XVI вв. / Подготовил к печати Л. В. Черепнин. Под ред. С. В. Бахрушина. — М. — Л.: Издательство АН СССР, 1950, cтр. 7 — 11.
↑С. К. Богоявленский, Научное наследие. О Москве XVII века. М., 1980. Стр. 25 — 31.
↑Горбунов Ю. С. Москва: Самотёка — М.: Молодая гвардия, 2009, с. 64
И. Орлов, Историческое описание Троицкой церкви Подворья Троице-Сергиевой Лавры в Москве. М.,1844. Стр. 2 — 4.;
Духовные и договорные грамоты великих и удельных князей XIV—XVI вв. / Подготовил к печати Л. В. Черепнин. Под ред. С. В. Бахрушина. — М. — Л.: Издательство АН СССР, 1950. — 585 с.
С. К. Богоявленский, Научное наследие. О Москве XVII века. М., 1980. Стр. 25 — 31.
Имена московских улиц. Топонимический словарь / Р. А. Агеева, Г. П. Бондарук, Е. М. Поспелов и др.; авт. предисл. Е. М. Поспелов. — М.: ОГИ, 2007. — 608 с. — (Московская библиотека). — ISBN 5-94282-432-0.