В 1998 году прошел хабилитацию, защитив докторскую диссертацию на тему «Польско-украинская борьба на землях сегодняшней Польши в 1943—1948 годах». Работал доцентом Кафедры украиноведения Ягеллонского университета и профессором Академии гуманитарных наук в Пултуске[5]. В 2011 году был избран в совет Института национальной памяти Польши.
Опубликовал четыре монографии и более 60 статей, посвященных Волынской резне и украинско-польским отношениям в 1939—1989 годах, подавлению советскими спецслужбами национального движения сопротивления на Украине, в Белоруссии, Литве, Латвии и Эстонии в 1939—1953 годах, политике правительства ПНР в отношении национальных меньшинств.
Grzegorz Motyka, Rafał Wnuk. Pany i rezuny. Współpraca AK-WiN i UPA 1945–1947. — Warszawa: Volumen, 1997.
Grzegorz Motyka. Tak było w Bieszczadach. — Warszawa: Volumen, 1999. — ISBN 83-7233-065-4.
Antypolska Akcja OUN-UPA 1943–1944. Fakty i interpretacje / Red. Grzegorz Motyka i Dariusz Libionka. — Warszawa: Wydawnictwo IPN, 2002.
Grzegorz Motyka (współautor). Służby Bezpieczeństwa Polski i Czechosłowacji wobec Ukraińców 1945–1989. — Warszawa: Wydawnictwo IPN, 2005.
Ukraińska partyzantka 1942–1960. — Warszawa: Wydawnictwo Instytut Studiów Politycznych PAN, Wydawnictwo Rytm, 2006. — ISBN 83-7399-163-8.
Grzegorz Motyka. W kręgu „Łun w Bieszczadach”. Szkice z najnowszej historii polskich Bieszczad. — Warszawa: Rytm, 2009. — ISBN 978-83-7399-340-2.
Grzegorz Motyka. Od rzezi wołyńskiej do akcji Wisła. — Kraków: Wydawnictwo Literackie, 2011. — ISBN 978-83-08-04576-3.
Grzegorz Motyka, Tomasz Stryjek, Rafał Wnuk i Adam F. Baran. Wojna po wojnie. Antysowieckie podziemie w Europie Środkowo-Wschodniej w latach 1944–1953. — Gdańsk — Warszawa: Wydawnictwo Naukowe Scholar – Instytut Studiów Politycznych PAN – Muzeum II Wojny Światowej, 2012.
Grzegorz Motyka.Cień Kłyma Sawura. Polsko-ukraiński konflikt pamięci // . — Gdańsk: Wydawnictwo Oskar, Muzeum II Wojny Światowej, 2013. — ISBN 978-83-63709-23-5.
Grzegorz Motyka. Na Białych Polaków obława. Wojska NKWD w walce z polskim podziemiem 1944–1953. — Kraków: Wydawnictwo Literackie, 2014. — ISBN 978-83-08-05393-5.
Grzegorz Motyka. Obywatel „Igła” – krawiec ze Skaryszewa. Analiza mikrohistoryczna rewolucji wyklętych. — Warszawa: Instytut Studiów Politycznych PAN, 2018. — ISBN 978-83-65972-48-4.
Гжегож Мотыка. Неудачная книга // Ab Imperio,. — 2012. — № 1. (рецензия на книгу Вятровича; польская версия опубликована в журнале Nowa Europa Wschodnia[пол.])