В 1816 году, вероятно, из-за долгов помещиков они деревня (вместе с несуществующими ныне деревнями Козлово и Калли, или Чернышёво) была отдана в распоряжение ведомства сиротского призрения с тем, чтобы выручить за них 10 000 рублей. В том же году деревни были выкуплены Михаилом Михайловичем Кусовниковым, а к 1820 году проданы им отставному действительному статскому советнику Николаю Алексеевичу Астафьеву (Остафьеву)[2].
На карте Санкт-Петербургской губернии Ф. Ф. Шуберта 1834 года она обозначена как деревня Мышкина[4].
МЫШКИНА — деревня принадлежит Остафьевой, чиновнице 4 класса, число жителей по ревизии: 33 м. п., 26 ж. п.[5] (1838 год)
На карте профессора С. С. Куторги 1852 года деревня не отмечена[6].
МИШКИНО — деревня госпожи Остафьевой, по просёлочной дороге, число дворов — 10, число душ — 32 м. п.[7] (1856 год)
Согласно «Топографической карте частей Санкт-Петербургской и Выборгской губерний» 1860 года деревня Мишкина насчитывала 9 дворов[8].
МИШКИНО — деревня владельческая при плитных очистях, число дворов — 9, число жителей: 31 м. п., 27 ж. п.[9] (1862 год)
План деревни Мишкино. 1885 год
В 1885 году деревня Мишкина насчитывала 10 дворов[10].
Согласно материалам по статистике народного хозяйства Царскосельского уезда 1888 года мызаМишкино площадью 29 десятин принадлежала купцу Р. И. Бармину, мыза была приобретена до 1868 года[11].
В конце XIX — начале XX века деревня административно относилась к Ижорской волости 1-го стана Царскосельского уезда Санкт-Петербургской губернии.
По данным «Памятной книжки Санкт-Петербургской губернии» за 1905 год деревня называлась Мишкино[12].
К 1913 году количество дворов в деревне Мишкино увеличилось до 20[13].
С 1 февраля 1963 года Красноборский поселковый совет подчинён Тосненскому горсовету[15].
По данным 1966, 1973 и 1990 годов деревня Мишкино также входила в состав Красноборского поссовета[17][18][19].
В 1997 году в деревне Мишкино Красноборского городского поселения проживали 14 человек, в 2002 году — 25 человек (все русские), в 2007 году — 5[20][21][22].