После захвата Коньи сельджуками в 1080 году многие византийские культовые сооружения постепенно перестраиваются в мечети. В основе мечети Ала ад-Дина также находится византийская базилика. Первые перестройки начались в 1150 году во время правления султана Масуда I[1]. К этому же периоду относится минбар из эбенового дерева, изготовленный в 1155 году и являющийся древнейшим образцом сельджукского искусства в Анатолии[2]. К этому же времени относятся, изразцовыймихраб и центральный купол.
Масштабные работы по реконструкции и расширению мечети развернулись в 1219 году при султане Кей-Кавусе I. При нём создаётся монументальный фасад с северной стороны, с видом на город и дворец султанов. Тогда же начинает возводиться и мраморная гробница султанов, однако, смерть Кей-Кавуса прервала эти работы. Возобновлены они были уже при его брате и преемнике султане Ала ад-Дине Кей-Кубаде I. По распоряжению Ала ад-Дина в главном зале мечети в 1235 году устанавливаются 42 колонны.
После этого на протяжении более чем шести с половиной веков мечеть практически не изменялась. Только в 1891 был возведён минарет и создан новый мраморный михраб[3].
Также при Кей-Кавусе I была сооружена, но не полностью завершена, восьмиугольная гробница сейчас известная как Adsız Türbe, что переводится как «Анонимный мавзолей», так как до сих пор неизвестны имена захороненных в ней людей.