Родился в Одессе в еврейской семье, отец — уманский мещанин, с 1897 года купец второй гильдии Псахия Борохович Магидович (1856—?)[1], мать — Амалия Мордковна Магидович (1856 — 27 февраля 1891), тоже происходила из уманских мещан[2][3]. У него был старший брат Григорий (1886—?)[4] и младшие сёстры от другого брака отца — Анна (1896—1896)[5] и Аделина-Жанета (1898—?). Мать умерла от туберкулёза 27 февраля 1891 года и отец вскоре женился в третий раз на Бейле Магидович[6].
В 1921 году женился вторым браком на сестре украинского художника Сергея Ержиковского, от которой в 1928 году у него родился сын Вадим, в соавторстве с которым были написаны многие его книги.
В 1926—1930 годах — заведующий отделом финансовой статистики ЦСУСССР в Москве. С 1927 года — в редакции отдела географии Большой советской энциклопедии, с 1930 года — научный редактор.
Последующие 25 лет активно занимался историческими исследованиями и публиковал обобщающие труды по истории географических открытий (часто в соавторстве со своим сыном).
Исследования по экономической географии Средней Азии и зарубежных стран. Автор фундаментальных работ по истории географических исследований. Многие книги были переведены на испанский, китайский, польский, венгерский языки.
Под редакцией Иосифа Магидовича было издано множество книг по истории географии. Он стал разработчиком концепции и автором нескольких выпусков серии «Открытие Земли» издательства Мысль.
Книги
Магидович И. П. Территории и население Бухары и Хорезма. В 2 частях. / Магидович И. П.. — Ташкент: Изд. комиссии по районированию Средней Азии, 1926. — 1000 экз.
Магидович И. П.Испания: Экономико-географический очерк. — М.: Гос. изд-во политической литературы, 1938. — 92 с. — 35 000 экз.
Магидович И. П. Объяснительный текст к картинам "Отечественные и зарубежные путешественники и исследователи". — М.: Просвещение, 1965. — 80 с. — 40 000 экз.
Магидович И. П., Покопцев Ю. М. Методическое руководство к картинам "Отечественные и зарубежные путешественники и исследователи". — М.: Просвещение, 1975. — 70 с. — 45 000 экз.
Издания после смерти автора
Магидович И. П., Магидович В. И. Очерки по истории географических открытий. В 5 томах. — Издание третье, переработанное и дополненное. — М.: Просвещение, 1982—1986. — 200 000 экз.
В 2003—2004 годах Центрполиграф издал первый и второй, разделенный на 2 части, том «Очерков…» в 3 книгах. Остальные тома не были напечатаны в связи «с малым интересом покупателей». В 2009 издательство Астрель (Аванта+) переиздало первый и половину второго тома, однако также отказалось от дальнейшей печати.
Магидович В. И., Магидович И. П. Географические открытия и исследования XVII—XVIII веков. — М.: Центрполиграф, 2004. — 495 с. — (Очерки по истории географических открытий). — 5000 экз. — ISBN 5-9524-0812-5.
↑С 4 ноября 1913 г. помощник у присяжного поверенного Ю. Б. Кричевского.//Список присяжных поверенных округа Санкт-Петербургской судебной палаты и их помощников к 31 января 1914 г. Санкт-Петербург, 1914. — С.121.