Кубок Интертото 1990 был 30-м розыгрышем Кубка Интертото, европейского футбольного турнира для клубов, не попавших в официальные турниры УЕФА. В этом сезоне также игрался только групповой раунд. В турнире участвовали 44 клуба.
Команды были разделены на одиннадцать групп по четыре клуба в каждой.