Не позднее апреля 1613 г. был создан особый Казачий приказ, или Казачий разряд, во главе которого встали незнатный дворянин И. А. Колтовский и дьяк Матвей Сомов, служивший в 1607 г. у «царевича Петра», а позднее — у Лжедмитрия II и считавшийся, вероятно, поэтому «специалистом» по казачеству. Казачий приказ ведал личным составом «вольных» казаков, их обеспечением, в том числе распределением приставств, верстанием казаков поместными и денежными окладами. Параллельно с Казачьим приказом некоторые из этих функций исполнял Челобитный приказ, основной обязанностью которого было рассмотрение челобитных, поданных лично царю.
— Чем наградил казаков за службу царь Михаил, IV глава. Без союзников, Александр Станиславский, Гражданская война в России XVII века.
Всего в городах, которых ведал Казачий приказ, атаманов 17, ясаулов 15 (14), казаков 1 352 (1 351) человек личного состава. И всего атаманов, ясаулов и казаков 1 381 (1 382) человек личного состава.