Иоганн Альбрехт, убеждённый приверженец протестантизма, в отличие от своего отца Альбрехта VII решительно выступил за ввод Реформации в своих землях. В июне 1549 года на Штернбергском ландтаге Иоганн Альбрехт I провозгласил лютеранскую веру для всех сословий, что считается узаконенным вводом Реформации в Мекленбурге. Ещё в феврале 1550 года он договорился с маркграфом Иоганном Бранденбург-Кюстринским о заключении оборонительного союза с прусским герцогом Альбрехтом, с дочерью которого он был помолвлен и на которой впоследствии женился. 22 мая 1551 года Иоганн Альбрехт Торгауским договором заключил тайный союз с остальными протестантскими правителями Северной Германии. Торгауский договор создал правовые рамки для восстания князей против императора Карла V, в котором Иоганн Альбрехт также принял участие.
В шверинской части Мекленбурга правил его дядя Генрих V. После смерти Генриха в 1552 году брат Иоганна Альбрехта Ульрих заявил о своих претензиях наследника и подал протест императору. Разразился острый конфликт за наследство, который разрешился лишь в 1556 году Руппинским решением бранденбургского курфюрста Иоахима II. Ульриху удалось вынудить Иоганна Альбрехта согласиться 11 марта 1555 года с «Висмарским договором». По этому решению сохранялось совместное правление братьев в Мекленбурге, причём Иоганну Альбрехту достался Шверин, а Ульрих стал правителем в восточной части Мекленбурга, в бывшем княжестве Верле с резиденцией в Гюстрове.
Герцог Иоганн Альбрехт считался меценатом, почитателем искусства и наук и прогрессивным правителем эпохи Ренессанса, приветствовавшим научные открытия. Он боролся за Реформацию и модернизировал своё государство. У него была обширная библиотека, значительная часть которой впоследствии была передана Ростокскому университету. Он интересовался научными инструментами, занимался астрономией и картографией. Библиотекарем и картографом у Иоганна Альбрехта служил Тилеман Стелла. Во время совместной поездки к императорскому двору в Вену в 1560 году они изучали архитектуру и современные техники возведения крепостей, впоследствии использованные в Мекленбурге. Наиболее важной заслугой Иоганна Альбрехта считается учреждение нескольких школ в Гюстрове, Шверине и Пархиме.
Брак и потомки
24 февраля 1555 года Иоганн Альбрехт женился на Анне Софии Прусской, дочери прусского герцога Альбрехта. У них родилось трое детей: