Усадище Зубакино Михайловского Черенского погоста, упоминается в переписи 1710 года[2].
ЗУБАКИНО — деревня Дорогощинского общества, прихода Черенского погоста.
Крестьянских дворов — 14. Строений — 51, в том числе жилых — 22. Жители занимаются рубкой, пилкой и сплавом леса.
Число жителей по семейным спискам 1879 г.: 55 м. п., 44 ж. п.; по приходским сведениям 1879 г.: 49 м. п., 47 ж. п.[3]
В начале XX века близ деревни находился жальник[4].
ЗУБАКИНО — деревня Дорогощинского сельского общества, число дворов — 25, число домов — 42, число жителей: 78 м. п., 71 ж. п.;
Занятия жителей — земледелие, лесные промыслы. Ручей Зубакинский. смежна с деревней Дорогощи. (1910 год)[5]
Деревня Зубакино на карте 1913 года
Согласно карте Новгородской губернии 1913 года, деревня называлась Зубакина и насчитывала 3 крестьянских двора[6].
С 5 июля 1944 года Дрегельский район находился в составе Новгородской области. 5 июля 1956 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР № 713/2 Дмитровский и Мозолевский сельсоветы были переданы из состава Дрегельского района Новгородской области в Бокситогорский район Ленинградской области[8].
По данным 1966, 1973 и 1990 годов деревня Зубакино входила в состав Мозолёвского сельсовета Бокситогорского района Ленинградской области[9][10][11].
В 1997 году в деревне Зубакино Мозолёвской волости проживали 10 человек, в 2002 году — 7 человек (все русские)[12][13].
В 2007 году в деревне Зубакино Борского СП проживали 8 человек, в 2010 году — 4[14][15].
География
Деревня расположена в юго-западной части района на автодороге 41К-292 (Половное — Дорогощи).
Расстояние до административного центра поселения — 42 км[14].