С 1934 по 1961 год работал в Государственном гидрологическом институте. В 1938 году присвоена учёная степень кандидата географических наук без защиты диссертации. В 1944 году присвоена степень доктора географических наук после защиты диссертации на тему «Сток рек Европы». В 1946 году присвоено звание профессора.
В 1937—1946 годах под руководством Б. Д. Зайкова проводились крупномасштабные исследования водного баланса Каспийского моря за последние 100 лет, исследования по водному балансу Аральского моря, стоку, испарению с водной поверхности и классификации рек СССР.
Б. Д. Зайковым опубликовано более 90 крупных научных работ.
За выдающиеся заслуги в развитии гидрологии Б. Д. Зайков был награждён несколькими орденами и медалями.
Основные работы
Материалы по гидрологии Верхнего Алдана. — Л.: Изд-во Акад. наук СССР, 1935. — 168 с. — (Труды Совета по изучению природных ресурсов (СОПС). Серия Якутская / Акад. наук СССР; Вып. 25).
Средний многолетний сток рек СССР. 1937.
Внутригодовое распределение годового стока Европы. 1938.
Внутригодовое распределение речного стока на территории Европы / Б. Д. Зайков, д-р геогр. наук. — Свердловск; Москва: Гидрометеоиздат, 1944. — 50 с., 3 л. карт.: ил. — (Труды Научно-исследовательских учреждений. Серия 4. Гидрология суши / Гос. гидрол. ин-т. НКО СССР. Глав. упр. гидрометеорол. службы СССР; Вып. 15).
Средний сток и его распределение в году на территории СССР. 1946.
Высокие половодья и паводки на реках СССР за историческое время. 1954.
Очерки по озероведению. Ч. 1-2. 1955, 1960.
Водный баланс Каспийского моря в связи с причинами понижения его уровня. 1946.
Очерки гидрологических исследований в России / Под ред. А. П. Доманицкого. — Л.: Гидрометеоиздат, 1973. — 325 с.: ил., карт.; 2 л. портр. и карт. — Библиогр.: с. 194—217 (524 назв.); Список лит. (сост. А. П. Доманицкий): с. 220—222. — Геогр. указ.: с. 317—324.
Литература
Григорьев С. В. Биографический словарь. Естествознание и техника в Карелии. — Петрозаводск: Карелия, 1973. — С. 255. — 269 с. — 1000 экз.
Краснопольский А. В. Отечественные географы (1917—1992): Биобиблиографический справочник (в 3-х томах) / Под ред. проф. С. Б. Лаврова; РАН, Русское географическое общество. — СПб.: Б.и., 1993. — Т. 1 (А—К). — С. 323. — 492 с. — 1000 экз. (в пер.)