Сын австрийского учёного Николауса Йозефа фон Жакена (1727 — 1817)[2][4]. Йозеф Франц фон Жакен изучал медицину в Вене, где он получил учёную степень доктора наук в 1788 году[5]. В 1791 году Жакен стал профессором химии и ботаники[4]. В 1797 году он стал преемником своего отца как руководитель Ботанического сада в Вене, который увеличивался под его руководством[4].
Jacquin, J.F. Lehrbuch der allgemeinen und medicinischen Chymie zum Gebrauche seiner Vorlesungen. C.F. Wappler, Wien 1798.
Jacquin, J.F., E. Fenzl & I. Schreibers. Eclogae plantarum rariorum aut minus cognitarum : quas ad vivum descripsit et iconibus coloratis illustravit. A. Strauss, Wien, 1811—1844[4].
Jacquin, J.F., E. Fenzl & I. Schreibers. Eclogae graminum rariorum aut minus cognitarum : quae ad vivum descripsit et iconibus coloratis illustravit. A. Strauss et Sommer, Wien, 1813—1844.
Jacquin, J. F. Ueber den Ginkgo, Carl Gerold, Wien, 1819.