В 1914—1920 годах преподавал в Баку, принимал активное участие в создании первого в Азербайджане высшего педагогического института. В 1920—1927 годах он преподавал биологию в Азербайджанском государственном педагогическом институте, а в 1923—1930 годах работал заведующим отделом биологии Азербайджанского государственного музея[3].
C 1930 года до самой своей смерти был директором Естественно-исторического музея в Баку. На свои личные средства Джафаров заказывал витрины и шкафы для музея, покупал иностранные книги, изданные на английском, немецком и французском языках, обогащал музей новыми экспонатами[4]. С этим музеем связана в основном научная, публицистическая и организаторская деятельность Джафарова[3].
Параллельно с работой в музее в 1932—1946 годах продолжал преподавать в качестве ассистента кафедры биологии Азербайджанского медицинского института[3].
Многие молодые специалисты (такие как Д. В. Гаджиев, Ф. М. Ахундов, С. М. Асланова и др.) были привлечены к научно-исследовательской работе и защитили диссертации под руководством Джафарова[4].
Скелет обнаруженного и впервые описанного Джафаровым бинагадинского носорога в Музее естественной истории имени Г. Зардаби в Баку
Под руководством Джафарова научные сотрудники Музея естественной истории участвовали в важных с промышленной точки зрения исследованиях, проводившихся в республике в годы Великой Отечественной войны. В 1941 году вместе с учёными Института геологии (В. А. Гориным и др.) они активно участвовали в поиске и открытии месторождений магматических сланцев на Апшеронском полуострове и в Исмаиллинском районе[4].
Исследования Р. Джафарова и его коллег (В. В. Богачева c 1938 года[5] и Н. О. Бурчак-Абрамовича) сыграли огромную роль в развитии палеонтологии позвоночной фауны в Азербайджане. Р. Джафаров продолжил раскопки Бинагадинского захоронения фауны и флоры. Он составил «Атлас четвертичной фауны Бинагадов» (1961). По инициативе Джафарова и под его редакцией изданы 12 томов фундаментальной серии «Труды Естественно-исторического музея им. Г. Зардаби» (1951—1959)[2].
Джафаров Р. Д.Бинагадинский носорог. — Труды естественно-исторического музея имени Г. Зардаби. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1960. — 99 с.
Статьи
Джафаров Р. Д. Птицы бинагадинских раскопок // Известия АзФАН СССР. — Баку, 1943. — № 7.
Джафаров Р. Д. Ископаемые млекопитающие четвертичного периода на Апшероне // Известия АН Азерб. ССР. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1945. — № 6. — С. 108-113.
Бурчак-Абрамович Н. И., Джафаров Р. Д. Находка гигантского оленя Megaceros sp. в кировых отложениях Апшеронского полуострова // Известия АН Азерб. ССР. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1945. — № 10.
Бурчак-Абрамович Н. И., Джафаров Р. Д. Гигантский олень на Апшеронском полуострове // Природа. — 1946. — № 3.
Бурчак-Абрамович Н. И., Джафаров Р. Д. Sus apscheronicus sp. nova в составе бинагадинской фауны // Известия АН Азерб. ССР. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1946. — № 6. — С. 26–37.
Бурчак-Абрамович Н. И., Джафаров Р. Д. Остатки дикого кабана из Бинагадинских Кировых отложений (Апшерон) // Труды естественноисторического музея. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1948. — Вып. 1–2. — С. 76–136.
Джафаров Р. Д. Ископаемые носороги Rhinocerotidae Кавказа // Известия АН Азерб. ССР. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1949. — № 8. — С. 51-59.
Джафаров Р. Д. Пресмыкающиеся Азербайджанской ССР // Труды естественноисторического музея. — Баку, 1949. — Вып. 3. — С. 1–85.
Джафаров Р. Д. Материалы к изучению черепа бинагадинского носорога // Известия АН Азерб. ССР. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1950. — № 8. — С. 45–52.
Джафаров Р. Д. Строение нижней челюсти бинагадинского носорога // Известия АН Азерб. ССР. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1951. — № 8. — С. 15–33.
Джафаров Р. Д. Класс пресмыкающиеся — Reptilia // Животный мир Азербайджана / Ред. коллегия: А. Н. Ализаде и др.. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1951. — С. 185-202.
Джафаров Р. Д. Материалы к изучению черепа бинагадинского носорога // Известия АН Азерб. ССР. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1952. — № 12. — С. 61–77.
Джафаров Р. Д. Ископаемые носороги Кавказа // Известия АН Азерб. ССР. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1952. — № 6.
Бурчак-Абрамович Н. И., Джафаров Р. Д. Бинагадинское местонахождение верхнечетвертичной фауны и флоры на Апшеронском полуострове. // Труды естественноисторического музея. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1955. — Вып. 10. — С. 89—146.
Джафаров Р. Д. Новый представитель четвертичного носорога бинагадинской фауны // Труды естественноисторического музея. — Баку, 1956. — Вып. X.
Джафаров Р. Д. Четвертичная фауна Бинагадов (Апшеронский полуостров) // Природа. — 1956. — № 2.
Джафаров Р. Д. Плейстоценовая фауна и флора Бинагадов // Труды научной сессии АН Азерб. ССР, посвященной 10-летию АН Азерб. ССР. — Баку, 1957. — № 2.
Джафаров Р. Д. Два новых вида ацератерия (Aceratherium) из верхнесарматских отложений Кавказа // Изв. АН Азерб. ССР, сер. геол. - геогр. наук. — Баку, 1958. — № 2.
Бурчак-Абрамович Н. И., Джафаров Р. Д. О нахождении вида Sus apsheronicus в четвертичных отложениях Апшерона // Изв. АН Азерб. ССР, сер. геол. - геогр. наук. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1965. — № 2. — С. 19-30.
Джафаров Р. Д. Бинагадинская ископаемая позвоночная фауна // Известия Академии наук АзССР. Серия наук о земле. — Баку: Издательство Академии наук Азербайджанской ССР, 1966. — № 6. — С. 51-57.
↑ 123Музей Естественной Истории Имени Хасан бей Зардаби [tury.ru/sight/id/2993-estestvenno-istoricheskiy-muzey-imeni-g-zardabi-v-baku-2993] // tury.ru.
↑ 123456789Muzeyin elmi tədqiqatları(азерб.). gia.az. Официальный сайт Института геологии и геофизики НАН Азербайджана (13 апреля 2011). Дата обращения: 1 ноября 2023. Архивировано 1 ноября 2023 года.
↑ 123Muzeyin yaranma tarixi(азерб.). gia.az. Официальный сайт Института геологии и геофизики НАН Азербайджана (11 апреля 2011). Дата обращения: 1 ноября 2023. Архивировано 1 ноября 2023 года.
↑Богачёв В. В. Бинагады: Кладбище четвертичной фауны на Апшеронском полуострове. Баку: Издательство Азербайджанской филиала АН СССР, 1939. 84 с.