Головинское сельское поселение образовано 30 декабря2004 года в соответствии с Законом Костромской области № 237-ЗКО[3], установлены статус и границы муниципального образования.
22 октября 2009 года в соответствии с Законом Костромской области № 525-4-ЗКО[4] в состав Головинского сельского поселения включено упразднённое Матвеевское сельское поселение.
20 июня 2018 года присоединено к Шангскому сельскому поселению.