ПФК «Габала» был создан в 1995 году под названием «Гёй-Гёль» (город Гёйгёль, тогда именовавшийся Ханлар)[4]. Представлял в чемпионате страны Ханларский район Азербайджана. После длительного застоя клуб был заново возрождён 4 мая 2005 года под названием «Гилан»[4] и представлял уже Габалинский район.
31 августа 2007 года клуб был переименован в очередной раз и стал называться ПФК «Габала», представляя в чемпионате одноимённый город.В 2010 году главным тренером «радаров» стал знаменитый английский защитник «Арсенала» Тони Адамс, но уже через год был освобождён от должности главного тренера. Сезон завершили с турецким тренером Фатихом Кавлаком. В мае 2013 года главным тренером стал российский тренер Юрий Сёмин. Под его руководством «Габала» в сезоне 2013/14 стала бронзовым призёром чемпионата Азербайджана, завоевав право выступать в Лиге Европы, и вышла в финал Кубка страны. В финале Кубка Азербайджана «Габала» уступила победу в серии пенальти клубу «Нефтчи». Однако по окончании сезона Сёмин покинул команду. Новый сезон начали с румынским тренером Доринелом Мунтяну, а в декабре завершили с украинским тренером Романом Григорчуком. По итогам сезона «радары» вновь стали бронзовыми призёрами чемпионата Азербайджана, тем самым обеспечив себе место в Лиге Европы. В следующем сезоне под руководством украинского специалиста клуб сенсационно вышел в групповой этап Лиги Европы в итоге набрав 2 очка заняли последнее место, а также снова завоевали бронзовые медали Чемпионата Азербайджана. В следующем сезоне «радары» снова повторили свой прошлогодний успех выйдя в групповой этап Лиги Европы. В чемпионате стали серебряными призерами упустив первое место «Карабаху», а также снова вышли в финал кубка, но упустили победу тому же «Карабаху». В сезоне 2017/2018 «радары» в Лиге Европы остановились в третьем раунде проиграв греческому «Панатинаикосу». В чемпионате вновь повторили прошлогодний успех став серебряными призёрами Чемпионата. В Кубке Азербайджана дошли до финала, но проиграли клубу «Кешля» со счетом 1:0. По окончании сезона Роман Григорчук оставил клуб. В следующем сезоне «Габалу» первоначально возглавил Заур Гашимов, но впоследствии главным тренером стал Санан Гурбанов. Под его руководством «Габала» вышла в финал Кубка Азербайджана 2018/19. В финале «радары» с минимальным счетом обыграли «Сумгаит» и впервые в своей истории стали обладателями кубка, завоевав право выступать в Лиге Европы в предстоящим сезоне. Сезон 2019/20 клуб начал с новым главным тренером Эльмаром Бахшиевым. В Лиге Европе они проиграли во втором раунде грузинскому «Динамо Тбилиси». В чемпионате заняли последнее место, но из-за пандемии COVID-19 чемпионат был приостановлен и таким образом команда избежала вылета из высшей лиги. В сезоне 2020/21 «радары» заняли 7-е место. В Кубке страны «радары» остановились в четвертьфинале проиграв «Карабаху».
Клуб выступает на главном стадионе Габалы — Габалинском городском стадионе. Общая площадь комплекса 6 гектар. Кроме основного стадиона, на территории комплекса находятся ещё несколько резервных площадок. В 2005 году начались основательные ремонтно-реконструкторные работы. Было установлено 2000 пластиковых кресел, обновлён газон. В 2006 году построили современные раздевалки, тренажерный зал, налажено водоснабжение при помощи артезианских колодцев. В 2007 году было начато строительство запасного стадиона, новых трибун, установка электронного табло. Параллельно с этим было начато строительство резервных площадок с искусственным покрытием.
.svg){kind=small}
