В 1966 году защитил кандидатскую диссертацию «Формирование промышленных поселений Центрально-промышленного района Европейской России (XVII в. — начало XX в.)», а в 1975 году — докторскую диссертацию «Население России в конце XVII — начале XVIII вв.».
Дворянское землевладение в России в XVII — первой половине XIX в.: (размеры и размещение) / Отв. ред. В. И. Буганов; АН СССР. — М.: Наука, 1988.
Владения и крепостные крестьяне Русской Церкви в конце XVII в. — М., 1988 (составитель и ответственный редактор).
Дворянство России и его крепостные крестьяне. XVII — первая половина XVIII вв. — М., 1989. — 184 с.
Население России в XX веке: Исторические очерки: В 3-х томах. — М., 2000 (член авт. кол.).
Водарский Я. Е., Елисеева О. И., Кабузан В. М. Население Крыма в конце XVIII — конце XX в.: Численность, размещение, этнический состав / Институт российской истории РАН. — М.: ИРИ РАН, 2003. — 160 с. — 300 экз. — ISBN 5-8055-0104-X.
Водарский Я. Е., Истомина Э. Г. Сельские кустарные промыслы Европейской России на рубеже XIX—XX столетий / Институт российской истории РАН. — М.: ИРИ РАН, 2004. — 516 с. — 300 экз. — ISBN 5-8055-0126-0.
Водарский Я. Е., Истомина Э. Г. Православные монастыри России и их роль в развитии культуры (XI — начало XX в.) / Институт российской истории РАН. — М.: ИРИ РАН; Гриф и Ко, 2009. — 546 с. — 500 экз. — ISBN 978-5-8125-1352-8.
Статьи
Города феодальной России: Сборник статей памяти Н. В. Устюгова / отв. ред. В. И. Шунков. — М.: Наука, 1966.
Размещение холопов в России по переписи 1678 г. // Ежегодник по аграрной истории Восточной Европы. 1969 год. — Киев: Вища школа, 1971. — С. 32—38.