Б. П. Васильков начал свою научную деятельность с изучения флорыцветковых растенийМарийской АССР, но вскоре бо́льший интерес проявил к шляпочным грибам. Первая его работа на эту тему — «Опыт изучения грибов при геоботанических исследованиях» оказала большое влияние на новое в то время научное направление — экологию грибов.
С 1950-х годов изучал шляпочные грибы российской Арктики. Материалы для этой работы присылались зимовщиками полярных станций с Таймыра, позже он и сам участвовал в экспедициях по Кольскому полуострову, Полярному Уралу, Чукотке. Материалы по арктическим грибам не были до конца обработаны, и этот труд остался незавершённым.
Постоянная и большая работа в полевых условиях и с гербарием сделала Бориса Павловича превосходным знатоком шляпочных грибов различных таксономических групп. Это привлекало к нему молодёжь, начинавшую изучать трубчатые и пластинчатые макромицеты. В результате без преувеличения можно сказать, что почти все нынешние агарикологи бывшего СССР в той или иной степени являются его учениками.
— Э. Л. Нездойминого, Б. А. Томилин
Под руководством Б. П. Василькова были защищены кандидатские диссертации советских и российских микологов — Эмма Леонидовна Нездойминого (1970), Леонур Васильевич Михайловский (1975), Александр Елисеевич Коваленко (1980).
Библиография
Книги:
«Шиповник в Марийской и Чувашской автономных республиках» Марийское государственное издательство, 1941.
Съедобные и ядовитые грибы средней полосы европейской части СССР. Определитель. — М.—Л.: Издательство Академии наук СССР, 1948. — 135 с. — 25 000 экз.
Съедобные и ядовитые грибы средней полосы европейской части России. Определитель. — изд. 2-е, переработанное. — СПб.: «Наука». — 189 с. — 10 000 экз. — ISBN 5-02-026650-7.
Изучение шляпочных грибов в СССР: Историко-библиографический очерк. — М.—Л.: Издательство Академии наук СССР, 1953. — 193 с. — 2000 экз.
Очерк географического распространения грибов в СССР. — М.—Л.: Издательство Академии наук СССР, 1955. — 87 с. — 3000 экз.
Грибы. — М.: Издательство Министерства сельского хозяйства СССР, 1959. — 96 с. — 100 000 экз. (Виды съедобных и ядовитых грибов, альбом-справочник)
Белый гриб: Опыт монографии одного вида. — М.—Л.: «Наука», 1966. — 132 с. — 12 000 экз.
Методы учёта съедобных грибов в лесах СССР. — Л.: «Наука», 1968. — 68 с. — 1600 экз.
Публикации в периодических изданиях:
1937. О книге Л. А. Лебедевой [«Грибы, заготовка и переработка», М., 1937] и о критике ее // Советская ботаника 3: 120—122.
1938. Опыт изучения грибов при геоботанических исследованиях // Советская ботаника 4-5: 169—176.
1942:
Понятие о грузде в русской литературе и в обычной жизни // Советская ботаника 1-3: 18-27.
Об одном мало известном грибе из сем. сморчковых // Советская ботаника 6: 50-51.
1944. К систематике осиновика — Boletus versipellis Fr. // Советская ботаника 2: 21-27.
1945. Какие грибы называются «белянками»? // Советская ботаника 4: 40-43.
1946. Об изменчивости формы чашелистиков цветков коричного шиповника (Rosa cinnamomea L. s. l.) из Среднего Поволжья // Советская ботаника 1: 56—58.
1952:
О некоторых видах рода Boletinus // Ботанические материалы Отдела споровых растений Ботанического института им. В. Л. Комарова АН СССР 8: 113—117.
Проф. Л. А. Лебедева. Определитель шляпочных грибов. Госуд. издательство сельскохоз. литературы. М.-Л., 1949. 34½ печ. л. + 12 цветных вклеек. Тираж 5000 экз. Цена 13 руб. // Ботанический журнал 37(4): 551—557.
1953. О степном шампиньоне — Agaricus Bernardii (Quél.) Sacc. // Ботанические материалы Отдела споровых растений Ботанического института им. В. Л. Комарова АН СССР 9: 154—157.
1954:
О некоторых интересных и новых видах гастеромицетов в СССР // Савич В. П. (отв. ред.) Труды Ботанического института им. В. Л. Комарова АН СССР. Серия II. Споровые растения. Выпуск 9. М., Л.: Изд-во АН СССР. С. 447—464.
О некоторых разногласиях в международной микологической номенклатуре // Ботанический журнал 39(2): 257—262.
Опыт изучения вида у шляпочных грибов на примере осиновика — Krombholzia aurantiaca (Roques) Gilb. // Ботанический журнал 39(5): 681—693.
1955:
Новые виды семейства Boletaceae, найденные в СССР // Ботанические материалы Отдела споровых растений Ботанического института им. В. Л. Комарова АН СССР 10: 209—213.
1955. Ошибочное установление рода Jaczewskia Matt. // Ботанический журнал 40(4): 596—598.
1956:
Березовик — Krombholzia scabra (Fr.) Karst. — в СССР // Савич В. П. (отв. ред.) Труды Ботанического института им. В. Л. Комарова АН СССР. Серия II. Споровые растения. Выпуск 10. М., Л.: Изд-во АН СССР. С. 367—384.
О восточно-сибирском и восточно-американском грибе Pholiota luteofolia (Peck) Sacc. // Ботанические материалы Отдела споровых растений Ботанического института им. В. Л. Комарова АН СССР 11: 131—133.
Систематический обзор осиновика Krombholzia aurantiaca (Roques) Gilb. и его форм, встречающихся в СССР // Ботанические материалы Отдела споровых растений Ботанического института им. В. Л. Комарова АН СССР 11: 134—140.
Таксономические отношения у грибов рода Scleroderma Pers. в СССР // Савич В. П. (отв. ред.) Труды Ботанического института им. В. Л. Комарова АН СССР. Серия II. Споровые растения. Выпуск 11. М., Л.: Изд-во АН СССР. С. 53-74.
1966. Ксилофильные грибы восточноевропейской и западносибирской лесотундры // Ботанический журнал 51(5): 660—669.
1967:
Новый вид трутовикового гриба на чозении // Новости систематики низших растений 4: 244—246.
О грибах (макромицетах) Советской Арктики // Микология и фитопатология 1(1): 17-25.
1970. Грибы (макромицеты) // Экология и биология растений восточноевропейской лесотундры. Л.: Наука. С. 55-60.
1971:
Грибы-макромицеты Таймырского стационара // Тихомиров Б. А. (отв. ред.) Биогеоценозы Таймырской тундры и их продуктивность. Л.: Наука. С. 145—150.
1971. Кедровниковые маслята в СССР // Микология и фитопатология 5(2): 184—186.
1974. Шампиньоны — виды рода Agaricus — в Советской Арктике // Новости систематики низших растений 11: 169—173.
1978. Новый вид гриба рода Leccinum S. F. Gray из Дальневосточной Арктики // Новости систематики низших растений 15: 84-85.
Нездойминого Э. Л., Томилин Б. А. Предисловие к изданию Васильков Б. П. Съедобные и ядовитые грибы средней полосы европейской части России. — СПб.: «Наука», 1995. — ISBN 5-02-0266-50-7.