Согласно житию святого Северина «Vita Sancti Severini», написанного после его смерти в начале VI века, около 450 года на территории нынешнего Зальцбурга находились две церкви и один монастырь. Первым епископом этих территорий был святой Максим, который был учеником святого Северина и аббатом монастыря. Вторым епископом стал святой Руперт, основавший в конце VII века на реке Зальцах новый монастырь святого Петра, возле которого стал формироваться будущий Зальцбург.
В середине IX века епископ Зальцбурга Адальвин столкнулся с притязаниями моравского короля Ростислава, захватившего земли между Дунаем и Дыей и изгнавшего из Моравии баварских священников. В это время в Моравии проповедовали Кирилл и Мефодий. Епископ Адальвин протестовал против их деятельности в его митрополии. Мефодий был вызван на Синод в Зальцбург и Адальвин запретил ему проповедовать в Моравии.
В XI веке в Зальцбурге Католическая Церковь подвергалась гонению со стороны императорской власти, которая находилась в спорах с Ватиканом. После назначения Римским папойГригорием VII архиепископом Зальцбурга Гебхарда, тот столкнулся с противодействием со вступлением на кафедру. Архиепископ Гебард в течение девяти лет находился в изгнании. Его преемник архиепископ Тимо был посажен в тюрьму на пять лет и умер в заключении в 1102 году. В 1122 году было подписано соглашение между Ватиканом и императором и в Зальцбурге была разрешена деятельность архиепископа.
В XVI веке в архиепархию Зальцбурга стало проникать из Германии лютеранство. Архиепископ Парис фон Лондрон пригласил в Зальцбург иезуитов, чтобы те занимались миссионерской деятельность среди протестантов. Из-за преследований со стороны Католической церкви многие протестанты переехали в Ганновер, Восточную Пруссию, Северную Америку.
28 января1785 года архиепархия Зальцбурга отдала часть своей территории епархии Леобен.
