В 1665 году Бомбей был передан Великобритании португальским королём Жуаном IV как часть приданого за свою дочь Екатерину английскому королю Карлу II. С 1669 года началось постепенное изгнание католических миссионеров. Первыми в 1669 году были изгнаны иезуиты. 24 мая 1720 года была запрещена миссионерская деятельность францисканцев. Британские колониальные власти разрешили работать в Бомбее только итальянским кармелитам.
12 декабря 1853 года кармелиты отказались обслуживать католиков в Бомбее и покинули город. Святой Престол принял их отставку и 16 февраля 1854 года разделил апостольский викариат Бомбея на две части: апостольский викариат Бомбея и апостольский викариат Пуны (сегодня — Епархия Пуны). Попечение об апостольском викариате Бомбея было поручено капуцинам, а об апостольском викариате Пуны — иезуитам.
1 сентября 1886 года Римский папа Лев XIII издал буллуHumanae salutis, которой возвёл апостольский викариат Бомбея в ранг архиепархии.
1 мая 1928 года Святой Престол издал буллу Inter Apostolicam, которой упразднил епархию Дамана, а его территорию передал архиепархии Бомбея.
В следующие годы архиепархия Бомбея передала часть своей территории следующим новым церковным структурам: