Родился в Новгороде, по профессии был ремесленником и изготовлял различные изделия из меди. В 1373 году, будучи ещё юношей, поступил в Лисогорский монастырь недалеко от Новгорода, где и принял монашество с именем Арсений. Прожив в монастыре 11 лет, отправился на Афон и провёл там три года, пребывая в молитве и изготовляя для афонской братии медную посуду. В 1393 году вернулся в Новгородскую республику и привёз икону Божией Матери, впоследствии названную Коневской. С этой иконой преподобный Арсений удалился на остров Коневец на Ладожском озере и провёл там с учениками пять лет.
В 1398 году по благословению новгородского архиепископа Иоанна основал на острове общежительный монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Затем он повторно посетил Афон и просил у святогорцев молитв и благословения для своей обители. В 1421 году разлив озера, уничтоживший монастырские постройки, вынудил святого Арсения перенести обитель на новое место на том же острове. Скончался преподобный Арсений в 1447 году и был погребен в монастырской церкви.