Апартаменты Борджиа (итал.Appartamento Borgia) — апартаменты папы Александра VI (Родриго де Борджиа), расположенные этажом ниже станц Рафаэля. Эта часть дворца Николая V была в конце XV в. перестроена под личные апартаменты Александра VI и в 1490-х гг. украшена росписями Бернардино Пинтуриккьо и художников его мастерской. После смерти Александра VI папа Юлий II не захотел больше жить в этих помещениях, и они были надолго покинуты. В 1816 г. по приказу Пия VII здесь разместили картины, возвращённые из Парижа после падения Наполеона, а при Льве XIII апартаменты были отреставрированы и открыты для публики.
Диспут св. Екатерины Александрийской (с Лукрецией Борджиа)
Антоний Великий и отшельник Павел
Встреча Марии и Елизаветы
Мученичество св. Себастьяна
Мученичество св. Варвары
История Аписа
Исида, Гермес Трисмегист и Моисей
Сусанна и старцы
Анфилада комнат ведёт к большому и роскошному Залу понтификов (Sala dei Pontefici), названному так, поскольку раньше его стены украшали портреты пап (не сохранились до наших дней). Зал являлся самым большим помещением апартаментов и использовался для торжественных церемоний.
Потолок апартаментов был построен из деревянных балок и в 1500 году обрушился в присутствии папы Александра VI, при этом погибло много людей, сам папа чудом уцелел.