În 2002 a apărut romanul săi de debut In Plüschgewittern la Editura Zweitausendeins, iar o versiune revizuită a fost publicată în 2008, la Editura Rowohlt. După ce în 2007 au apărut o serie de povestiri scurte, marele succes a lui Herrndorf a fost înregistrat odată cu apariția romanului Tschick, în 2010, un Bildungsroman, al cărui protagonist are 14 ani. Romanul s-a aflat mai bine de un an pe lista celor mai bine vândute cărți de pe piața germană[7]. În noiembrie 2011 a apărut romanul Sand, care reunește trăsături ale romanului polițist, istoric și de societate.[8]
Ambele romane, Tschick și Sand, au fost nominalizate pentru Premiul Târgului de Carte de la Leipzig (die Leipziger Buchmesse), în 2012 Sand chiar a câștigat marele premiu la secțiunea literatură[9]. Tot în 2012, romanul Sand a ajuns și pe lista scurtă a Premiului German al Cărții.[10]
După ce în februarie 2010 a fost diagnosticat cu tumoare pe creier, Herrndorf a început să redacteze un jurnal digital, blogul Muncă și Structură (Arbeit und Struktur), unde povestește despre lupta sa cu incurabila boală. Acest jurnal a fost publicat postum, în 2013, la Editura Rowohlt, așa cum își dorise autorul[11]. Tot postum a fost publicată, în 2014, și o continuare a romanului Tschick, sub titlul Bilder deiner großen Liebe.
Herrndorf a murit pe 26 august 2013, fiind înmormântat în cimitirul din Dorotheenstadt.