Ontologia genei

Ontologia genei (acr. en. GO) este o inițiativă bioinformatică majoră de a unifica reprezentarea genei și și a atributelor produsului genetic pentru toate speciile.[1] Mai precis, proiectul urmărește: 1) menținerea și elaborarea vocabularului controlat al genelor și atributelor produsului genetic; 2) adnotarea genelor și produșilor genetici și asimilarea și diseminarea datelor de adnotare; și 3) furnizarea uneltelor pentru înlesnirea accesului la toate aspectele informațiilor furnizate de proiect și permiterea interpretării funcționale a datelor experimentale folosind GO.

GO face parte dintr-un efort mai mare de clasificare, Ontologiile Biomedicale Deschise (OBO, en.).[2]

Deși nomenclatura genelor însăși urmărește să mențină și elaboreze vocabularul controlat al genelor și produșilor genetici, Ontologia genei extinde demersul utilizând un limbaj de marcare pentru a face datele (nu doar ale genelor și produșilor acestora dar și ale tuturor atributelor acestora) citibile de către mașină, într-un mod unificat pentru toate speciile (în timp ce convențiile din nomenclatura genelor diferă de la un taxon biologic la altul).

Exemplu de termen

id: GO:0000016

nume: activitate lactază

clasănume: funcție_moleculară

def: „Cataliza reacției: lactoză + H2O=D-glucoză + D-galactoză.” [EC:3.2.1.108]

sinonim: „activitate hidrolază a lactazei-lofrizinei” BROAD [EC:3.2.1.108]

sinonim: „activitate galactohidrolază a lactozei” EXACT [EC:3.2.1.108]

xref: EC:3.2.1.108

xref: MetaCic:LACTASE-RXN

xref: Reactom:20536

este_o: GO:0004553 ! activitate hidrolază, hidroliza compușilor O-glicozil

Sursa datelor:[3]

Consorțiu

Consorțiul pentru Ontologia Genei este mulțimea de baze de date biologice și grupuri de cercetare implicate activ în proiectul ontologiei genei.[4]

Note

1. ((Consorțiul pentru Ontologia Genelor)) (2008). „Proiectul Ontologia Genelor din anul 2008”. Cercetarea acizilor nucleici (en.). 36 (Database issue): D440–4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMID 17984083. Mentenanță CS1: Utilizează parametrul autori (link)
2. Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (2007). „Uzina OBO: evoluția coordonată a ontologiilor în sprijinul integrării datelor biomedicale”. Biotehnologia Naturii (en.). 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMID 17989687. Mentenanță CS1: Utilizează parametrul autori (link)
3. Consorțiul GO (en.) (16 martie 2009). „gene_ontology.1_2.obo”. Arhivat din original (OBO 1.2 flat file) la 6 octombrie 2015. Accesat în 20 mai 2018. 
4. „Consorțiul GO”. Arhivat din original la 2 iulie 2014. Accesat în 16 martie 2009. 

Legături externe

• Consorțiul pentru Ontologia Genei - situl oficial (en.)
• PlantRegMap - Adnotări GO pentru 165 de specii de plante și Analiza îmbogățirii GO Arhivat în 13 mai 2020, la Wayback Machine. (en.)
• SimCT Arhivat în 28 august 2012, la Wayback Machine. (en.) — unealtă internet pentru afișarea relațiilor dintre obiecte biologice adnotate unei ontologii, în forma unui ansamblu arborescent.
• Ontologia genei pentru domenii (en.) — bază de date a ontologiilor de domeniu pe funcții, fenotipuri, boli și altele.