UCbase

UCbase é uma base de dados de sequências ultraconservadas (abreviadas na literatura como UCRs ou UCEs, de ultraconserved sequences e ultra-conserved element, respectivamente) que foram descritas pela primeira vez por Bejerano, G. et al.[1][2] em 2004. São regiões do genoma altamente conservadas que compartilham 100% identidade entre humanos, camundongos e ratos. UCRs são 481 sequências mais longas que 200 bases. Localizam-se frequentemente em regiões genômicas envolvidas em câncer, diferencialmente expressas em leucemias e carcinomas humanos e, em alguns casos, reguladas por microRNAs.[3] A primeira versão do UCbase foi publicada por Taccioli, C. et al. em 2009.[4]

Atualizações recentes incluem nova anotação baseada em genoma humano hg19, informações sobre distúrbios relacionados às coordenadas do cromossomo usando a classificação SNOMED CT, uma ferramenta de consulta para pesquisar por SNPs, e uma nova caixa de texto para questionar diretamente o banco de dados usando uma interface MySQL. Além disso, uma ferramenta de comparação de sequências permite aos pesquisadores combinar sequências selecionadas contra elementos ultraconservados localizados em regiões genômicas envolvidas em distúrbios específicos. Para facilitar a interpretação visual e interativa de coordenadas cromossomiais UCR, os autores implementaram o recurso de visualização de gráficos de UCbase criando uma ligação para um navegador de genoma UCSC. UCbase 2.0 não fornece informação de microRNAs (miRNAs) focando mais somente em UCRs. O lançamento oficial do UCbase 2.0 foi publicado em 2014[5] e é acessível no enderaço da internet ucbase.unimore.it.

Ver também

• Conservação de sequência

Ligações externas

• ultraconserved.org

Referências

1. Bejerano, Gill; Pheasant M; Makunin I; Stephen S; Kent WJ; Mattick JS; Haussler D. (maio de 2004). «Ultraconserved elements in the human genome». Science. 304 (5675): 1321–5. PMID 15131266. doi:10.1126/science.1098119 
2. Lomonaco V, Martoglia R, Mandreoli F, et al. UCbase 2.0: ultraconserved sequences database (2014 update). Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2014;2014:bau062. doi:10.1093/database/bau062.
3. Calin GA, Liu CG, Ferracin M, Hyslop T, Spizzo R, Sevignani C, Fabbri M, Cimmino A, Lee EJ, Wojcik SE, Shimizu M, Tili E, Rossi S, Taccioli C, Pichiorri F, Liu X, Zupo S, Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (setembro de 2007). «Ultraconserved regions encoding ncRNAs are altered in human leukemias and carcinomas.». Cancer Cell. 12 (3): 215–29. PMID 17785203. doi:10.1016/j.ccr.2007.07.027 
4. Taccioli C, Fabbri E, Visone R, Volinia S, Calin GA, Fong LY, Gambari R, Bottoni A, Acunzo M, Hagan J, Iorio MV, Piovan C, Romano G, Croce CM (janeiro de 2009). «UCbase & miRfunc: a database of ultraconserved sequences and microRNA function». Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D41-8. PMC 2686429. PMID 18945703. doi:10.1093/nar/gkn702 
5. Lomonaco, Vincenzo; Martoglia R; Mandreoli F; Anderlucci L; Emmett W; Bicciato S; Taccioli C. (janeiro de 2009). «UCbase 2.0: ultraconserved sequences database (2014 update).». Database. 2014: 1-8. PMC 4064129. PMID 24951797. doi:10.1093/database/bau062