PAUP

Phylogenetic Analysis Using Parsimony

PAUP
Desenvolvedor	David L Swofford
Escrito em	C
Sistema operacional	Macintosh, Windows, Unix-like
Gênero(s)	Bioinformática
Página oficial	PAUP* 4.0

PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) é um programa de filogenia computacional para inferir árvores evolutivas (filogenias), escrito por David L. Swofford. Originalmente, como o nome indica, PAUP implementava apenas o método da máxima parcimônia, mas a partir da versão 4.0 (quando o programa ficou conhecido como PAUP*) ele também passou a suportar os métodos de matriz de distâncias e de máxima verossimilhança. A versão 3.0 funciona em computadores Macintosh e suporta uma interface gráfica rica e amigável. Juntamente com o programa MacClade,[1] com o qual compartilha o formato de dados NEXUS,[2] PAUP é o programa preferido de muitos filogeneticistas.[3]

A versão 4.0 adicionou suporte para as plataformas Windows (interface gráfica e linha de comando) e Unix (linha de comando apenas). No entanto, a interface gráfica do usuário para a versão Macintosh requer o ambiente Classic, que já não é suportado pelo Mac OS X 10.5 e versões posteriores. Há uma versão de linha de comando do PAUP* para Macs baseados em Intel.

Ver também

• PHYLIP
• HYPHY
• MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis
• Clustal
• Filogenética computacional
• Árvore filogenética
• Filogenética

Ligações externas

• PAUP* 4.0
• Fundação de Pesquisas Científicas de Ribeirão Preto (PAUP no Brasil)

Referências

1. D R Maddison & W. P. Maddision. MacClade 4: Analysis of Phylogeny and Character Evolution. [S.l.: s.n.] ISBN 0-87893-470-7. Consultado em 23 de outubro de 2011. Arquivado do original em 27 de setembro de 2011 
2. Maddison, D. R.; Swofford, D. L.; Maddison, W. P. (1997). «NEXUS: an extensible file format for systematic information.». Systematic biology. 46 (4). p. 590–621. ISSN 1063-5157. PMID 11975335. doi:10.1093/sysbio/46.4.590  !CS1 manut: Nomes múltiplos: lista de autores (link)
3. Hall, Barry G. (2001). Phylogenetic Trees Made Easy. A How-To manual for Molecular Biologists (em inglês). Sunderland, massachusetts: Sinauer. 179 páginas. ISBN 0-87893-311-5