Em Abril de 1314, uma visita da sua cunhada Isabel de França despoletou o escândalo da Torre de Nesle: a sua irmã Branca da Borgonha, esposa do príncipe Carlos de França, e Margarida da Borgonha, esposa do príncipe Luís de França, foram acusadas de adultério. Joana da Borgonha, amiga íntima das duas, foi inocentada das acusações de adultério mas, envolvida no caso por ter cohecimento e guardado segredo das infidelidades das outras princesas, foi encarcerada na fortaleza de Dourdan. No mesmo ano Filipe IV morreu e foi sucedido por Luís X.
Por influência da sua mãe, no ano seguinte Joana foi libertada e voltou à corte, após ser absolvida pelo parlamento. Pouco depois o seu irmão Roberto, herdeiro de Otão IV e conde da Borgonha, morreu. O título passou para a agora intitulada condessa Joana II da Borgonha. Filipe o Alto, como esposo, assumiu esse título jure uxoris (por direito de casamento), depois de já ser conde de Poitou por direito próprio, título oferecido em apanágio pelo seu pai.
Depois de seis anos de reinado, Filipe morreu de disenteria e febre na noite de 2 para 3 de Janeiro de 1322, sendo sucedido pelo seu irmão Carlos IV por não deixar um herdeiro varão, segundo a lei sálica. Em 1329 morreu a sua mãe, Matilde de Artésia, tendo Joana, como primogénita, herdado o seu condado.
Isabel (1312 - abril de 1348), casada pela primeira vez com Guigues VIII de la Tour du Pin, delfim de Viennois e conde de Albon, sem descendência. Casou pela segunda vez em 1335 com João III, senhor de Faucogney, sem descendência;
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