Porém, o futebol uruguaio atravessa uma fase de decadência internacional desde a década de 1990, quando deixou de ter clubes em finais sul-americanas, retornando em 2011 com o Peñarol perdendo a final da Copa Libertadores da América, uma exceção.
Suas últimas atuações relevantes foram a vitória na Copa América de 1995 (sediada no próprio Uruguai), o vice-campeonato na Copa América 1999 e a classificação para as Copas do Mundo de 2002, 2010, quando voltou a chegar na quarta colocação, 2014 e 2018. Seu último título na Copa América aconteceu em 2011 e realizou a melhor campanha de um sul-americano na Copa do Mundo de 2010.