Na temporada 1986–87, a Bota de Ouro seria entregue ao austríacoToni Polster, de 20 anos, após ter sido o artilheiro do campeonato austríaco, com 39 gols. O premiado daquela temporada (1986–87), o romenoRodion Cămătaru, terminou artilheiro em seu país com 44 gols, mas tendo marcado 20 tentos nas últimas 6 partidas, o que provocou fortes suspeitas de manipulação para favorecê-lo.
Entre 1990 e 1996, não foi atribuído o troféu, embora sejam reconhecidos vencedores oficiosos. A causa foi um protesto da Associação de Futebol do Chipre pela entrega do prêmio ao macedônioDarko Pančev, artilheiro do campeonato iugoslavo pelo Estrela Vermelha, com 34 gols. Os cipriotas alegaram que um outro jogador teria marcado 40 gols no campeonato local naquela temporada (1990–91), embora os dois artilheiros daquela edição da Liga do Chipre tenham marcado, oficialmente, apenas 19 gols. Pančev só receberia oficialmente a premiação em 2006.
A premiação voltou oficialmente na temporada 1996–97, agora pela European Sports Magazines. Para evitar confusão semelhante com a que envolveu Pančev, introduziu-se a partir de então um coeficiente de multiplicação que tem como objetivo valorizar os gols marcados nos campeonatos considerados mais competitivos. Assim, entre o 1º e o 8º campeonatos da classificação da UEFA, os gols passaram a valer dois pontos; entre o 9º e 21º passaram a valer 1,5; enquanto nos restantes permaneceram com o valor unitário. Após a temporada 2000–01, os gols só valiam dois pontos nos primeiros cinco campeonatos da classificação da UEFA, 1,5 pontos nas ligas classificadas entre a 6ª e a 22ª posição e um ponto nas restantes .[3]
Desde 1996-97 que o prémio deixou de ser atribuído ao melhor marcador absoluto do continente, com a adoção dos coeficientes, apenas duas vezes o premiado realmente terminou a temporada como artilheiro absoluto do continente: o brasileiro Jardel, em 1999, e o sueco Henrik Larsson, em 2001. Os maiores "prejudicados" foram os galeses: desde a interrupção da premiação da forma que era, em 1990, quatro já terminaram a temporada como maiores goleadores europeus e não puderam receber a premiação: David Taylor, Tony Bird, Marc Lloyd e Rhys Griffiths; todos foram artilheiros da inexpressiva Liga Galesa.
Curiosamente, Jardel já experimentou também as sensações de ser novamente o artilheiro absoluto e perder o prêmio (em 2000, para o inglês Kevin Phillips) e a de receber a premiação sem ter sido o maior artilheiro (em 2002, sobre Lloyd). Em 2007, dois brasileiros dividiram a artilharia absoluta do continente, Afonso Alves e o naturalizado croata Eduardo da Silva, mas o prêmio ficou com o italiano Francesco Totti.[4]