De vlag van Goëngahuizen is de dorpsvlag van het Nederlandse dorp Goëngahuizen, in de Friese gemeente Smallingerland. De vlag werd in 2016 geregistreerd.[1]
De beschrijving van de vlag is als volgt:[1]
Drie banen blauw, geel en groen; de gele baan hoekig met drie hoeken en een hoogte van 1/3 vlaghoogte en omzoomd met drie rode pompbladen; de gele baan vanaf 1/6 en de blauwe baan op 7/12 van de vlaghoogte.
De kleuren zijn afkomstig van het dorpswapen.