Rutger van Boetzelaer was (strategisch) in 1499 gehuwd met Bertha van Arkel (ca. 1480 - 15 oktober1558), begraven te Asperen. Zij was een dochter van Otto van Arkel van Heukelom, heer van Heukelum, Weerdenburg en Ammersoijen (27 februari1442 - 12 juni1503) en Walravina van Broeckhuysen, vrouwe van Weerdenburg, Leijenburg en Ammerzode van 1494 tot 1511 (1460 - ca. 1514). Rutger werd begraven in de kerk van Asperen.
Uit het huwelijk van Rutger en Bertha zijn de volgende kinderen geboren:
Frantz van den Boetzelaer, minnebroeder.
Gijsbrecht van den Boetzelaer, commandeur van de Duitse Orde.
Christiaan van den Boetzelaer. Hij trouwde met Anna van Lockhorst (ca. 1510-?).
Johan van den Boetzelaer (ca. 1509 - 1588). Hij trouwde (1) ca. 1549 met Doede van Holdinga (ca. 1525 - 6 augustus1566). Hij trouwde (2) ca. 1570 met Sophia van Pallaes.