De Premijer liga bestaat vanaf 2001. Tot dat jaar waren er in Bosnië drie verschillende federaties en kampioenschappen. De EHF erkende alleen dat van de officiële handbalfederatie van Bosnië en Herzegovina wat gevestigd is in Sarajevo.
In de jaren 1998 en 1999 werden er play-offs gehouden, met teams die strijden vanuit de Federatie in Sarajevo en de Handbalfederatie in Herceg-Bosna. In 2001namen clubs uit de Servische Republiek deel van aan de play-offs, en voor het eerst na de Bosnische Burgeroorlog, concurreerden clubs uit heel Bosnië en Herzegovina met elkaar. Helaas, volgend jaar, in 2001 weigerden clubs uit Servische Republiek om te spelen, en daarom werden play-offs niet gespeeld. Pas in 2002 kwam er een einde aan deze stijl van Bosnisch handbal. In 2001 begon de Premijer liga.