Neuer begon zijn carrière bij FC Schalke 04 in zijn geboorteplaats Gelsenkirchen. In 2005 tekende hij hier zijn eerste profcontract. Bij Schalke 04 doorliep hij de volledige jeugdopleiding voordat hij in het seizoen 2006/07 zijn debuut maakte. Dit deed hij in de tweede speelronde, waarbij hij Frank Rost verving die geblesseerd raakte. Hij kreeg in zijn eerste seizoen de voorkeur als eerste doelman boven Rost en maakte indruk. In totaal speelde hij 27 wedstrijden dat seizoen en werd hij door zijn collega's uit de Bundesliga verkozen tot beste doelman van het seizoen. Na vijf seizoen gaf hij aan zijn contract niet te willen verlengen en maakte ondanks een doorlopend contract de overstap naar Bayern München.[2]
Bayern München
Neuer tekende in juni 2011 een vijfjarig contract bij Bayern München waarmee een bedrag van ongeveer twintig miljoen euro was gemoeid.[3][4] Op 7 augustus 2011 maakte hij zijn officiële debuut tijdens de thuiswedstrijd tegen Borussia Mönchengladbach. Mede door een fout van Neuer werd de wedstrijd met 0-1 verloren.[5] Hij groeide uit tot een internationaal bekende doelman en werd een van de meest toonaangevende spelers van FC Bayern; in 2013 werd hij voor het eerst kampioen. Hij won de Bundesliga en de UEFA Champions League met zijn club in één seizoen, alsmede het Duitse bekertoernooi en het wereldkampioenschap voor clubs. In 2017 werd de Duitse keeper de aanvoerder van Bayern München nadat voormalig aanvoerder Philipp Lahm een punt achter zijn voetbalcarrière zette. In 2020 won hij voor de tweede keer in zijn carrière de treble: de Bundesliga, de DfP-Pokal en de Champions League.
Begin december 2022 brak Neuer tijdens een skitocht zijn rechterbeen waardoor hij langere tijd uit de roulatie was.[6] Voor de rest van het seizoen 2022/23 werd Yann Sommer van Borussia Mönchengladbach aangetrokken.[7] Na het vertrek van Sommer naar Inter Milaan besloot trainer Thomas Tuchel in de eerste wedstrijden van het seizoen 2023/24 Neuer te vervangen door tweede doelman Sven Ulreich.[8] Op 28 oktober 2023 maakte Neuer zijn comeback in de met 8-0 gewonnen thuiswedstrijd tegen SV Darmstadt 98.[9] Een maand na zijn comeback verlengde hij op 28 november zijn doorlopend contract met één jaar tot juni 2025.[10]
Neuer maakte eveneens deel uit van de Duitse selectie, die onder leiding van bondscoach Joachim Löw deelnam aan de WK-eindronde 2018 in Rusland. Daar werd Die Mannschaft voortijdig uitgeschakeld. De ploeg strandde in de groepsfase, voor het eerst sinds het wereldkampioenschap 1938, na nederlagen tegen Mexico (0–1) en Zuid-Korea (0–2). In groep F werd alleen van Zweden (2–1) gewonnen, al kwam die zege pas tot stand in de blessuretijd. Neuer speelde mee in alle drie de groepswedstrijden, van de eerste tot en met de laatste minuut. Wegens zijn beenbreuk in december 2020 werd zijn plaats onder de lat over genomen door Marc-André ter Stegen.[11] Neuer werd op 8 juni 2024 door bondscoach Julian Nagelsmann opgenomen in de Duitse selectie voor het EK 2024 in eigen land.[12] Duitsland werd groepswinnaar in een groep met Schotland, Hongarije en Zwitserland en won in de achtste finales van Denemarken (2–0), maar werd in de kwartfinales na een verlenging uitgeschakeld tegen Spanje (2–1). Neuer miste op het toernooi geen minuut aan speeltijd.
Op 21 augustus 2024 zette Neuer een punt achter zijn interlandloopbaan. Hij speelde in totaal 124 interlands voor Duitsland.[13]
Manuel Neuer heeft zijn eigen stichting, die zich inzet voor kinderen. De "Manuel Neuer Kids Foundation" heeft zich ten doel gesteld maatschappelijk achtergestelde kinderen en jongeren hulp en ondersteuning aan te bieden, met name in de stedelijke gebieden in het Ruhrgebied.[15] In november 2011 won hij 500.000 euro voor het goede doel in een speciale aflevering van de Duitse versie van Who Wants to be a Millionaire?, Wer wird Millionär?.[16]
Monsters University
In 2013 sprak Manuel Neuer in de Duitse versie van de film Monsters University de stem van personage Frank McCay in.[17]
Privéleven
Eind 2022 maakte de 36-jarige Neuer bekend dat hij een behandeling ondergaan had tegen huidkanker waarbij hij drie keer werd geopereerd.[18]