Magdalena Augusta van Anhalt-Zerbst (Zerbst, 13 oktober 1679 – Altenburg, 11 oktober 1740) was een prinses van Anhalt-Zerbst uit het Huis der Ascaniërs en door huwelijk Hertogin van Saksen-Gotha-Altenburg.
Op 17 juni 1696 huwde zij te Gotha met hertog Frederik II van Saksen-Gotha-Altenburg. De bewaard gebleven brieven, van de hertogin aan haar man, getuigen van een liefdevol en gelukkig huwelijk.
Magdalena Augusta en Frederik kregen negentien kinderen:
Magdalena Augusta overleed te Altenburg op 11 oktober 1740 en werd bijgezet in de koninklijke crypte van het kasteel Friedenstein, naast haar acht jaar eerder overleden echtgenoot.