In 1996 keerde hij terug naar Mel Lewis om in diens Vanguard Jazz Orchestra te werken als componist en pianist. Van 1998 tot 2003 leidde hij het Danish Radio Jazz Orchestra. Daarnaast leidde hij ook verschillende eigen groepen en nam hij een reeks albums op.
McNeely werkte als sideman met o.a. Bob Brookmeyer, David Liebman, Art Farmer, Louis Smith en Bobby Watson. Sinds 1981 geeft hij less aan de jazzfaculteit van de New York-universiteit en sinds 1991 is hij co-director van B.M.I. Jazz Composer's Workshop. Tevens was hij actief bij bijvoorbeeld de Stanford Jazz Workshop en de Jamey Aebersold's Summer Jazz Clinics.
From the Heart met Marc Johnson, Adam Nussbaum, 1984
Winds of Change met Mike Richmond, Kenny Washington, 1989, Steeplechase
East Coast Blow Out met de WDR Big Band (Rüdiger Baldauf, Henning Berg, Rainer Brüninghaus, Rob Bruynen, Roy Deuvall, Andy Haderer, Dave Horler, Marc Johnson, Rick Kiefer, Bernt Laukamp, Adam Nussbaum, Klaus Osterloh, Olivier Peters, Paul Peucker, Rolf Römer, Harold Rosenstein, John Scofield, Paul Shigihara, Heiner Wiberny), 1989, Lipstick
Sound Bites met Jan Adefelt, Peter Asplund, Gustavo Bergalli, Hector Bingert, Dave Castle, Johan Hörlén, Fredrik Noren, Dick Oatts, Bertil Strandberg, Jukkis Uotila, Anders Wiborg, 1997
Group Therapy met Cameron Brown, Billy Drewes, Greg Gisbert, John Hollenbeck, Tony Kadleck, Ed Neumeister, Dick Oatts, Scott Robinson, Tom Varner, Scott Wendholt, 2001, OmniTone
The Power and the Glory: A Salute to Louis Armstrong met Nikolaj Bentzon, Tomas Franck, Søren Frost, Thomas Fryland, Anders Gustafsson, Steen Hansen, Michael Hove, Leroy Jones, Thomas Kjærgaard, Flemming Madsen, Uffe Markussen, Vincent Nilsson, Thomas Ovesen, Henrik Bolberg Pedersen, Benny Rosenfeld, Nicolai Schultz, Ethan Weisgard, Axel Windfel, 2001
In This Moment met Lennart Ginman, Adam Nussbaum, 2003