De Gauliga Baden 1939/40 was het zevende voetbalkampioenschap van de Gauliga Baden, officieel nu de Bereichsklasse Baden. SV Waldhof werd kampioen en plaatste zich voor de eindronde om de Duitse landstitel, waar de club in de halve finale uitgeschakeld werd door FC Schalke 04.
De Gauliga werd grondig geherstructureerd na het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog. Het volgende seizoen bestond de Gauliga echter weer uit één reeks.